在真实交易中存在虚开部分的情况，属于违法行为，可能涉及虚开增值税专用发票罪或其他相关罪名，具体处理方式需根据虚开的目的、金额、后果等因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律定性
虚开增值税专用发票罪：
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条的规定，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，构成虚开增值税专用发票罪。这里的“虚开”包括为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开等行为。
- 若真实交易中虚开的部分涉及增值税专用发票，且虚开金额较大或情节严重，将可能面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役和罚金等。
其他相关罪名：
- 如果虚开的发票并非增值税专用发票，但虚开行为扰乱了市场秩序或损害了国家税收利益，也可能构成其他犯罪，如非法出售发票罪、非法购买增值税专用发票罪等。
二、处理方式
自查自纠：
- 如果发现真实交易中存在虚开部分，企业或个人应立即进行自查自纠，主动向税务机关报告虚开情况，并补缴应纳税款和滞纳金。
- 自查自纠有助于减轻法律责任，避免更严重的法律后果。
配合调查：
- 如果税务机关或公安机关已经介入调查，企业或个人应积极配合调查工作，提供真实、完整的交易记录和财务资料。
- 配合调查是履行法律义务的表现，也有助于查明事实真相，减轻法律责任。
法律辩护：
- 如果因虚开行为被提起公诉，企业或个人应寻求专业律师的帮助，进行法律辩护。
- 律师将根据案件事实、证据和法律规定，为企业或个人提供法律意见和辩护策略，争取最轻的法律责任。
三、法律后果
刑事责任：
- 根据虚开的金额、情节和后果等因素，企业或个人可能面临有期徒刑、拘役和罚金等刑事处罚。
- 刑事责任是最严重的法律后果，将对企业或个人的声誉和未来发展产生严重影响。
行政责任：
- 除了刑事责任外，企业或个人还可能面临税务机关的行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
- 行政责任虽然相对较轻，但也会对企业或个人的经济利益造成一定损失。
信用损失：
- 虚开行为还会对企业或个人的信用记录造成负面影响，影响其在市场上的声誉和信誉。
- 信用损失可能导致企业或个人在未来的交易中受到限制或排斥。
四、建议与预防
加强内部管理：
- 企业应建立健全的财务管理制度，加强对发票开具和使用的审核和监督，防止虚开行为的发生。
提高法律意识：
- 企业和个人应加强对税收法律法规的学习和了解，提高法律意识，避免因无知而触犯法律。
寻求专业帮助：
- 在涉及复杂交易或税务问题时，企业或个人应寻求专业律师或税务师的帮助，确保交易合法合规。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律意见和辩护策略。