核心结论：有真实货物交易但发票系虚开，属于违法行为，会面临行政处罚甚至刑事处罚，同时企业需承担补缴税款等民事责任，应立即停止虚开行为，积极配合税务机关调查并采取补救措施。以下是具体分析：
一、法律定性
行政违法：根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条，任何单位和个人不得为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票。即使存在真实货物交易，若发票内容（如品名、数量、金额等）与实际不符，仍构成虚开发票行为，税务机关可责令改正，处1万元以上5万元以下的罚款；情节严重的，处5万元以上50万元以下的罚款；有违法所得的予以没收。
刑事犯罪：若虚开发票行为达到《刑法》第二百零五条规定的虚开增值税专用发票罪或虚开发票罪的立案标准（如虚开税款数额1万元以上或致使国家税款被骗取5000元以上），将面临刑事处罚。量刑标准根据虚开税款数额或情节严重程度，可处三年以下有期徒刑或拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金；数额较大或有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金；数额巨大或有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或没收财产。
二、责任承担
民事责任：企业需补缴因虚开发票少缴的税款及滞纳金，并可能面临罚款。若虚开发票导致合同相对方损失（如无法抵扣进项税），还需承担赔偿责任。
行政责任：除罚款外，企业可能被列入税收违法“黑名单”，影响信用评级，在政府采购、工程招投标、获得贷款等方面受到限制。
刑事责任：直接负责的主管人员和其他直接责任人员可能被追究刑事责任，影响个人职业发展和自由。
三、处理建议
立即停止：发现虚开发票行为后，应立即停止相关操作，避免问题扩大。
配合调查：主动向税务机关说明情况，配合调查，提供真实交易证据（如合同、物流单据、付款凭证等），争取从轻或减轻处罚。
补救措施：
法律咨询：在处理过程中，可随时向我咨询，我会根据具体情况提供法律意见和应对策略。
四、风险提示
勿抱侥幸：部分企业认为“有真实交易就不算虚开”，但法律明确规定发票内容需与实际一致，否则仍构成违法。
及时整改：拖延或隐瞒问题可能导致处罚加重，甚至引发刑事风险。
全面审查：除发票问题外，还需审查交易合同、资金流向等是否合规，避免其他法律风险。
如有进一步疑问或需要具体法律帮助，可直接向我提问。