企业有真实业务但接受了虚开发票，将面临一系列严重的法律后果，包括行政责任、刑事责任以及其他不良后果。以下是对此问题的详细分析与建议：

一、可能面临的法律后果

1. 行政责任

   • 补缴税款与滞纳金：企业因接受虚开发票导致少缴的税款需全额补缴，并自滞纳税款之日起，按日加收万分之五的滞纳金。
   • 罚款：根据虚开金额的大小，企业可能面临5万元以下或5万元以上50万元以下的罚款。若企业明知或应知发票为虚开而仍接受，同样会受到处罚。
   • 纳税信用降级与惩戒：税务机关会根据违法行为调整企业的纳税信用等级，情节严重者可能被降至D级，遭受更严格的监管，并影响银行贷款、招投标等活动。此外，还可能被列入失信纳税人名单，受到联合惩戒。

2. 刑事责任

   • 罪名及量刑：企业接受虚开发票可能触犯虚开增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款发票罪以及虚开发票罪。具体量刑依据虚开的税款数额而定，如虚开税款数额达五万元以上，即可构成犯罪，面临三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；数额巨大者，刑罚更为严厉，甚至可能面临无期徒刑或没收财产。单位犯罪时，单位及其直接负责的主管人员和其他直接责任人员均将受罚。

3. 其他后果

   • 交易受限：企业信誉受损，合作伙伴可能失去信任，导致业务合作减少或终止，进而影响正常经营。
   • 企业经营受限：相关部门将加强对企业的监管，增加检查频次和力度。违法情节特别严重者，可能被责令停产停业整顿，甚至吊销营业执照。

二、应对措施与建议

1. 加强内部管理

   • 建立健全财务管理制度，确保发票的真实合法。加强对采购、销售等环节的监督，防止虚开发票的发生。例如，可以设立专门的发票审核岗位，对每一张发票进行严格审核，确保与实际业务相符。

2. 提高法律意识

   • 增强税收法律意识，了解虚开发票的严重后果。定期组织税法培训，提高员工的税法遵从度。可以通过邀请税务专家进行讲座、组织内部税法知识竞赛等方式，提升员工的法律素养。

3. 积极配合调查

   • 若涉嫌接受虚开发票，应积极配合税务机关的调查，如实提供相关资料和证据。不要试图隐瞒或伪造证据，以免加重法律责任。

4. 及时整改与补救

   • 一旦发现问题，应立即进行整改，包括补缴税款、调整账务记录等，并完善内部管理制度。例如，可以主动向税务机关申报并补缴因接受虚开发票而少缴的税款及滞纳金，同时加强内部管理，防止类似问题再次发生。

企业务必加强内部管理、提高法律意识、积极配合调查并及时整改补救，以确保企业的合法权益与长远发展。 若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我将竭诚为您提供专业的法律服务。