有真实交易但虚开发票的，税务机关将根据虚开金额、情节严重程度等依法进行处罚，包括追缴税款、加收滞纳金、罚款，情节严重的还将追究刑事责任。具体分析如下：
行政处罚
- 追缴税款与滞纳金：根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条，纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁帐簿、记帐凭证，或者在帐簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，是偷税。对纳税人偷税的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金。因此，即使存在真实交易，但虚开发票导致少缴税款的，税务机关将追缴少缴的税款，并加收滞纳金。
- 罚款：同样根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条，对纳税人偷税的，税务机关在追缴税款、滞纳金的同时，还将处以不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。罚款的具体比例将根据虚开金额、情节严重程度等因素确定。
刑事处罚
- 虚开增值税专用发票罪：根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，将构成虚开增值税专用发票罪。即使存在真实交易，但如果虚开的税款数额较大或者有其他严重情节的，如造成国家税款损失、利用虚开的发票进行其他违法活动等，将依法追究刑事责任。
- 量刑标准：虚开增值税专用发票罪的量刑标准根据虚开的税款数额和情节严重程度确定。一般而言，虚开的税款数额较大或者有其他严重情节的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金；虚开的税款数额巨大或者有其他特别严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金；虚开的税款数额特别巨大或者有其他特别特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。
其他后果
- 信用惩戒：虚开发票行为还可能对企业的信用记录产生负面影响，影响企业的融资、招投标等经营活动。
- 行业禁入：对于严重虚开发票的企业或个人，还可能面临行业禁入等惩戒措施。
行动建议：
- 立即自查：如果企业或个人存在虚开发票的行为，应立即进行自查，评估虚开金额、情节严重程度等，以便制定应对策略。
- 主动纠正：在自查的基础上，主动向税务机关申报并纠正虚开发票行为，积极配合税务机关的调查和处理工作，以减轻可能的行政处罚和刑事责任。
- 加强合规管理：建立健全的发票管理制度和内部控制机制，确保发票的真实性和合法性，避免类似行为再次发生。