结论前置：村民跟村委签订的厂房租赁协议，村民代表大会一般不能直接推翻，但在特定情形下可能产生一定影响，具体分情况说明如下：
- 协议合法有效且无特殊情形时
- 从合同法的角度来看，村民与村委签订的厂房租赁协议，只要双方主体适格（村民具有相应的民事行为能力，村委在授权范围内签订协议）、意思表示真实（双方自愿签订，不存在欺诈、胁迫等情形）、内容不违反法律、行政法规的强制性规定以及公序良俗，那么该协议就是合法有效的。
- 合法有效的合同对双方当事人具有法律约束力，双方都应当按照协议的约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。村民代表大会作为村民自我管理、自我教育、自我服务的基层群众性自治组织，它本身并没有直接推翻合法有效合同的权力。如果村民代表大会试图通过决议等方式直接否定该租赁协议，这种行为在法律上是缺乏依据的，不会产生使协议无效的法律效果。
- 协议存在法定无效或可撤销情形时
- 法定无效情形：如果租赁协议存在《民法典》规定的合同无效情形，例如村委以欺诈手段使村民在违背真实意思的情况下签订协议，或者协议内容损害了社会公共利益等，那么该协议自始无效。在这种情况下，村民代表大会虽然不能直接宣告协议无效，但可以通过一定的程序反映问题。比如，村民可以向法院提起诉讼，请求确认协议无效，村民代表大会可以组织村民收集相关证据，支持村民的诉讼行为。
- 可撤销情形：若协议存在重大误解、显失公平或者一方以欺诈、胁迫等手段使对方在违背真实意思的情况下签订的情形，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。村民代表大会可以协助村民了解自己的权利，引导村民在法定的期限内（自知道或者应当知道撤销事由之日起一年内）行使撤销权，通过法律途径解决协议的效力问题。
- 协议履行过程中出现特殊情况时
- 情势变更：在协议履行过程中，如果出现了不可预见的、非不可抗力造成的不属于商业风险的重大变化，继续履行协议对于一方明显不公平或者不能实现合同目的，例如因国家政策调整导致厂房无法继续用于原定的租赁用途等。此时，受不利影响的一方可以与对方重新协商；在合理期限内协商不成的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构变更或者解除合同。村民代表大会可以在这个过程中组织村民进行协商，代表村民与村委沟通，但最终协议的变更或解除仍需通过法律程序或者双方自愿达成一致来确定，而不是由村民代表大会直接决定。
- 村委违约：如果村委在协议履行过程中存在违约行为，例如未按照协议约定提供厂房、擅自提高租金等，村民有权要求村委承担违约责任。村民代表大会可以支持村民维护自己的合法权益，比如协助村民收集村委违约的证据，组织村民与村委进行协商解决纠纷。如果协商不成，村民可以通过诉讼或仲裁等法律途径解决，村民代表大会可以提供一定的帮助和指导，但不能直接推翻协议。