十二年前签的有村委会盖章的协议能否推翻，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从多个角度进行分析：
一、协议的效力基础
合法性：协议的内容必须合法，不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。如果协议内容违法，那么该协议自始无效，无论经过多少年都可以被推翻。
真实性：协议必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形。如果协议是在这些情形下签订的，那么受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销该协议。
村委会的权限：村委会作为基层群众性自治组织，其盖章的行为代表其行使一定的管理职权。但村委会的权限是有限的，如果协议内容超出了村委会的权限范围，那么该协议的效力可能会受到质疑。
二、推翻协议的可能途径
协商：双方可以协商一致，对协议进行变更或者解除。这是最直接、最和平的解决方式。
诉讼或仲裁：如果协商不成，一方可以向人民法院提起诉讼或者向仲裁机构申请仲裁，请求确认协议无效或者撤销协议。但需要注意的是，根据《民法典》的相关规定，撤销权的行使有一定的期限限制，一般为知道或者应当知道撤销事由之日起一年内。然而，如果自民事法律行为发生之日起五年内没有行使撤销权的，撤销权消灭。但这一规定主要适用于因欺诈、胁迫等情形导致的可撤销民事法律行为，对于协议无效的情形（如违法、违背公序良俗等），则不受此期限限制。
其他法定情形：如果协议存在其他法定无效或者可撤销的情形，如恶意串通损害国家、集体或者第三人利益等，那么相关方也可以依法主张协议无效或者撤销。
三、时间因素对协议效力的影响
诉讼时效：虽然协议已经签订了十二年，但如果存在上述可撤销或者无效的情形，且未超过法律规定的期限（如撤销权的行使期限或者诉讼时效等），那么仍然可以主张推翻协议。但需要注意的是，对于一般的合同纠纷，诉讼时效通常为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。然而，在协议无效或者可撤销的情形下，诉讼时效的起算点可能会有所不同。
证据收集：随着时间的推移，相关证据可能会灭失或者难以收集。因此，如果打算推翻协议，需要尽早收集相关证据，以支持自己的主张。
四、建议
审查协议内容：首先仔细审查协议的内容，确定是否存在违法、违背公序良俗、欺诈、胁迫等情形。
咨询专业律师：由于法律问题具有复杂性和专业性，建议咨询专业律师，以获取更具体、更准确的法律意见。
及时采取行动：如果确定需要推翻协议，且存在相关法律依据和证据支持，那么应及时采取行动，以免错过法律规定的期限或者证据灭失。