结论：法定假日三倍工资发放时剔除了超工时部分是否合理，需根据具体情况判断。若超工时本身符合法律规定且应计入法定假日工资计算基数，则剔除不合理；若超工时存在违法情形或不应计入计算基数，则剔除可能合理。以下从不同角度详细分析：

一、法定假日三倍工资的计算依据

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这里的“工资”通常指的是劳动者在正常工作时间内应得的报酬，但具体计算时，应包含劳动者在法定假日工作期间应得的全部工资性收入，包括基本工资、奖金、津贴等。

二、超工时是否应计入法定假日三倍工资的计算

1. 超工时合法且应计入的情况：

   • 如果劳动者在法定假日工作期间，除了正常的工作时间外，还存在合法的加班工时（即超出法定工作时间但符合劳动合同或公司规章制度规定的工时），且这些加班工时应当计入法定假日工资的计算基数，那么雇主在发放法定假日三倍工资时剔除超工时部分是不合理的。
   • 法律依据：虽然直接的法律条款可能并未明确提及超工时是否应计入法定假日三倍工资的计算，但根据劳动法的原则和精神，劳动者在法定假日工作应获得更高的报酬，且这种报酬应基于其实际工作情况和应得的全部工资性收入。

2. 超工时违法或不应计入的情况：

   • 如果劳动者在法定假日工作期间的超工时存在违法情形（如未经劳动者同意强行安排加班、加班工时超过法定限制等），或者根据劳动合同或公司规章制度的规定，这些超工时不应计入法定假日工资的计算基数，那么雇主在发放法定假日三倍工资时剔除超工时部分可能是合理的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位不得违反法律规定延长劳动者的工作时间，且加班工时的支付应符合法定标准。如果超工时本身违法或不符合支付条件，那么雇主有权在计算法定假日三倍工资时将其剔除。

三、实际操作中的建议

1. 核查劳动合同和公司规章制度：

   • 劳动者应首先核查自己的劳动合同和公司规章制度，了解关于法定假日工资和加班工时的具体规定。

2. 与雇主协商：

   • 如果劳动者认为雇主在发放法定假日三倍工资时剔除了合法的超工时部分，可以与雇主进行协商，要求雇主按照法律规定支付应得的报酬。

3. 寻求法律援助：

   • 如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。

示例说明：假设劳动者在法定假日工作了8小时，其中正常工作时间为6小时，加班工时为2小时。如果加班工时合法且应计入法定假日工资的计算基数，那么劳动者应获得的法定假日三倍工资应基于8小时的工作时间计算。如果雇主只基于6小时的正常工作时间计算并支付了三倍工资，而剔除了2小时的加班工时，那么这种做法是不合理的。

进一步思考：在处理此类问题时，劳动者应充分了解自己的权益和法律规定，同时保留好相关证据（如工作记录、工资单等），以便在需要时维护自己的合法权益。如果遇到复杂情况或不确定如何处理，建议直接向我咨询以获取更具体的法律建议。