保护动物造成的损失，其责任承担主体主要依据具体情况而定，一般情况下由当地人民政府给予补偿，但在特殊情况下责任承担方可能有所不同。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的责任与补偿
法律依据：
- 根据《中华人民共和国野生动物保护法》第十九条，因保护本法规定保护的野生动物，造成人员伤亡、农作物或者其他财产损失的，由当地人民政府给予补偿。具体办法由省、自治区、直辖市人民政府制定。
- 同时，《中华人民共和国民法典》第二百五十一条也规定，法律规定属于国家所有的野生动植物资源，属于国家所有，因此国家对其所有野生动物造成的损失承担责任。
申请补偿流程：
- 受损人需及时向当地林业部门或相关野生动物保护管理机构报告损失情况。
- 配合工作人员进行现场勘查、核实损失。
- 按照当地规定的补偿程序，提交相应的证明材料和申请。
- 等待政府部门审核与补偿发放。
补偿经费与来源：
- 地方人民政府可以推动保险机构开展野生动物致害赔偿保险业务，为受损人提供额外的赔偿渠道。
- 中央财政对预防、控制国家重点保护野生动物和其他致害严重的陆生野生动物造成危害的措施以及实行补偿所需经费予以补助。
二、特殊情况下的责任承担
动物园动物造成的损失：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千二百四十八条，动物园的动物造成他人损害的，动物园应当承担侵权责任，除非能证明尽到管理职责。这意味着，如果动物园的动物造成了损失，且动物园无法证明其已尽到管理职责，那么动物园需要承担相应的赔偿责任。
相关部门管理不力导致的损失：
- 如果野生保护动物造成的损失是由于相关部门管理不力导致的，如野生动物保护主管部门未能采取有效措施防止损害发生，那么这些部门可能需要承担责任。例如，如果相关部门未及时发布野生动物出没预警，导致农民农作物受损，那么相关部门可能需要承担一定的赔偿责任。
第三人过错：
- 如果是因第三人过错致使野生动物造成他人损害的，被侵权人可以向野生动物保护管理等相关部门请求补偿，也可以直接向第三人请求赔偿。例如，如果某人故意引诱野生动物进入他人农田造成损失，那么该人需要承担赔偿责任。
总结与建议：
在处理保护动物造成的损失问题时，应首先确定损失的具体情况和原因，然后依据相关法律法规进行妥善处理。如果是一般情况下的损失，可以向当地人民政府申请补偿；如果是特殊情况下的损失，如动物园动物致损或相关部门管理不力等，则需要根据具体情况确定责任承担方。
建议受损人在遇到此类问题时，及时收集相关证据并咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。同时，也希望相关部门能够加强野生动物保护和管理力度，减少类似事件的发生。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。