因保护国家保护动物造成的损失，一般情况下由当地人民政府给予补偿；但在特定情况下，如动物园动物致损或相关部门管理不力，责任承担方可能有所不同。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般情况下的责任与补偿
法律依据：
- 根据《中华人民共和国野生动物保护法》第十九条，因保护本法规定保护的野生动物，造成人员伤亡、农作物或者其他财产损失的，由当地人民政府给予补偿。具体办法由省、自治区、直辖市人民政府制定。这一条款明确了国家保护动物造成损失时，政府的补偿责任。
申请补偿流程：
- 受损人需及时向当地林业部门或相关野生动物保护管理机构报告损失情况。
- 配合工作人员进行现场勘查、核实损失，确保损失的真实性和程度得到确认。
- 按照当地规定的补偿程序，提交相应的证明材料和申请，如损失清单、照片、视频证据等。
- 等待政府部门审核与补偿发放，经调查属实并确实需要补偿的，由当地人民政府给予相应补偿。
补偿经费与来源：
- 地方人民政府可以推动保险机构开展野生动物致害赔偿保险业务，为受损人提供额外的赔偿渠道和保障。
- 中央财政对预防、控制国家重点保护野生动物和其他致害严重的陆生野生动物造成危害的措施以及实行补偿所需经费予以补助，确保了补偿资金的充足和稳定。
二、特殊情况下的责任承担
动物园动物造成的损失：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千二百四十八条，动物园的动物造成他人损害的，动物园应当承担侵权责任；但是，能够证明尽到管理职责的，不承担侵权责任。这意味着，如果动物园的动物造成他人损害，动物园通常需要承担赔偿责任，除非能证明已尽到管理职责。
相关部门管理不力导致的损失：
- 如果野生保护动物造成的损失是由于相关部门管理不力导致的，如野生动物保护主管部门未能采取有效措施防止损害发生，那么这些部门可能需要承担责任。例如，如果野生动物因管理不善而逃出保护区并造成损害，相关部门可能需要承担相应的赔偿责任。
第三人过错：
- 如果是因第三人过错致使野生动物造成他人损害的，被侵权人可以向野生动物保护管理等相关部门请求补偿，也可以直接向第三人请求赔偿。这意味着，在第三人过错的情况下，受损人可以选择向相关部门或第三人寻求赔偿。
三、实际操作建议
- 及时报告与申请：一旦因保护国家保护动物造成损失，受损人应及时向当地林业部门或相关野生动物保护管理机构报告损失情况，并按照规定的程序进行申请补偿。
- 保留证据：在申请补偿过程中，受损人应保留好相关证据，如损失清单、照片、视频证据等，以证明损失的真实性和程度。
- 咨询专业意见：如果受损人对补偿程序或责任承担有疑问，可以咨询专业律师或相关部门，以获取更准确的法律意见和指导。
总结：因保护国家保护动物造成的损失，其责任承担主体主要依据具体情况而定。在一般情况下，由国家（通过当地人民政府）负责补偿；但在特殊情况下，如动物园管理不善或相关部门管理不力，以及第三人过错等情形，责任承担方会有所不同。因此，在处理此类问题时，应仔细分析具体情况，并依据相关法律法规进行妥善处理。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。