保护动物造成的损失，其赔偿主体主要依据具体情况而定，一般情况下由当地人民政府给予补偿，但在特殊情况下，责任承担方可能有所不同。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的责任与补偿
法律依据：
- 根据《中华人民共和国野生动物保护法》第十九条，因保护本法规定保护的野生动物，造成人员伤亡、农作物或者其他财产损失的，由当地人民政府给予补偿。这一规定明确了政府在野生动物保护过程中的责任，即当民众因保护野生动物而遭受损失时，政府有义务进行补偿。
申请补偿流程：
- 受损人需及时向当地林业部门或相关野生动物保护管理机构报告损失情况。
- 配合工作人员进行现场勘查、核实损失，确保损失的真实性和准确性。
- 按照当地规定的补偿程序，提交相应的证明材料和申请，如损失清单、照片、视频证据等。
- 等待政府部门审核与补偿发放，经调查属实并确实需要补偿的，由当地人民政府按照相关规定给予补偿。
补偿经费与来源：
- 地方人民政府可以推动保险机构开展野生动物致害赔偿保险业务，为受损人提供额外的赔偿渠道和保障。
- 中央财政对预防、控制国家重点保护野生动物和其他致害严重的陆生野生动物造成危害的措施以及实行补偿所需经费予以补助，确保了补偿资金的充足和稳定。
二、特殊情况下的责任承担
动物园动物造成的损失：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千二百四十八条，动物园的动物造成他人损害的，动物园应当承担侵权责任，除非能证明尽到管理职责。这意味着，如果动物园内的动物因管理不善而造成他人损害，动物园需要承担相应的赔偿责任。
相关部门管理不力导致的损失：
- 如果野生保护动物造成的损失是由于相关部门管理不力导致的，如野生动物保护主管部门未能采取有效措施防止损害发生，那么这些部门可能需要承担责任。这种情况下，受损人可以向相关部门提出赔偿请求。
第三人过错：
- 如果是因第三人过错致使野生动物造成他人损害的，被侵权人可以向野生动物保护管理等相关部门请求补偿，也可以直接向第三人请求赔偿。这体现了法律对过错责任的追究，即谁过错谁负责。
三、综合建议
- 了解法律法规：受损人应了解并遵循相关法律法规，明确自己的权益和赔偿程序，以便在遭受损失时能够及时、有效地维护自己的合法权益。
- 及时报告损失：在遭受野生动物造成的损失后，受损人应及时向当地林业部门或相关野生动物保护管理机构报告损失情况，并配合工作人员进行现场勘查、核实损失。
- 保留证据材料：受损人应保留好相关证据材料，如损失清单、照片、视频证据等，以便在申请补偿或赔偿时提供有力支持。
- 考虑保险机制：对于可能遭受野生动物损害的风险，受损人可以考虑购买相关保险产品，以分散风险并减轻自身损失。
总之，保护动物造成的损失赔偿问题复杂多样，需根据具体情况确定责任主体和赔偿程序。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。