当国家保护动物损坏庄稼时，一般情况下由当地人民政府给予补偿。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律依据与责任主体
《中华人民共和国野生动物保护法》第十九条：
- 因保护本法规定保护的野生动物，造成人员伤亡、农作物或者其他财产损失的，由当地人民政府给予补偿。
- 具体办法由省、自治区、直辖市人民政府制定，这确保了补偿措施的灵活性和地域适应性。
《中华人民共和国民法典》第二百五十一条：
- 法律规定属于国家所有的野生动植物资源，属于国家所有。因此，国家对其所有野生动物造成的损失承担责任，这进一步明确了国家作为责任主体的法律地位。
二、申请补偿的流程
及时报案与提出补偿要求：
- 发现庄稼被野生动物损坏后，受损者应尽快向当地林业部门或相关野生动物保护管理机构报告，并明确提出补偿请求。
- 请求中应详细说明损失情况，包括受损庄稼的种类、面积、预估损失，并提供相关证据（如照片、视频、土地承包证明等）。
现场勘查与审批：
- 相关部门接到报案和补偿请求后，会安排工作人员进行现场勘查，核实损失情况，确保请求的真实性。
审核与评估：
- 行政部门会对提交的申请材料进行审核，并对损失进行进一步评估。评估过程可能包括专业人员对庄稼损失价值的估算。
补偿发放：
- 经过审核和评估，如果符合补偿条件，当地人民政府将按照省、自治区、直辖市的相关规定和标准发放补偿款。
三、特殊情况下的责任承担
动物园动物造成的损失：
- 如果损坏庄稼的动物来自动物园，且动物园未能尽到管理职责，根据《中华人民共和国民法典》第一千二百四十八条，动物园应当承担侵权责任。
相关部门管理不力导致的损失：
- 如果野生保护动物造成的损失是由于相关部门管理不力导致的，如野生动物保护主管部门未能采取有效措施防止损害发生，那么这些部门可能需要承担责任。不过，这种情况相对较少，且需要具体证据支持。
第三人过错：
- 如果是因第三人过错致使野生动物造成庄稼损坏的，被侵权人可以向野生动物保护管理等相关部门请求补偿，也可以直接向第三人请求赔偿。
四、地方实践与案例支持
- 许多地方人民政府已经制定了具体的野生动物致害补偿办法，明确了补偿的标准和程序，以确保受损者能够得到及时、合理的补偿。
- 一些地方政府还推动了保险机构开展野生动物致害赔偿保险业务，为受损者提供了额外的保障。
- 在实际案例中，有农户因保护湿地野生鸟禽而遭受庄稼损失，最终通过法律途径成功获得了当地人民政府的补偿。
五、建议与注意事项
- 及时报案：发现庄稼被野生动物损坏后，应尽快向相关部门报案，以便及时启动补偿程序。
- 保留证据：在报案和申请补偿时，应提供充分的证据证明损失情况，如照片、视频等。
- 了解当地政策：不同地区的补偿政策和标准可能存在差异，受损者在申请补偿时应了解当地的具体规定。
总结来说，当国家保护动物损坏庄稼时，受损者有权向当地人民政府申请行政补偿。为确保权益得到保障，受损者应及时报案、提交申请材料，并配合相关部门的调查与评估工作。如果遇到特殊情况或复杂问题，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供更详细的法律建议。