针对您提出的“保护动物造成农民损失怎么办”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、一般情况下的责任与补偿
首先，需要明确的是，因保护国家和地方重点保护野生动物而造成的人员伤亡、农作物或其他财产损失，在大多数情况下，是由当地人民政府来给予补偿的。这一规定主要依据的是《中华人民共和国野生动物保护法》第十九条，它明确指出了因保护野生动物所造成的损失，政府有责任进行补偿。同时，《中华人民共和国民法典》第二百五十一条也强调了国家对其所有野生动物造成的损失承担责任。
申请补偿的具体流程：
及时报告：受损的农民或相关人员需要及时向当地的林业部门或野生动物保护管理机构报告损失情况。
现场勘查：配合相关部门的工作人员进行现场勘查，以核实损失的具体情况和程度。
提交申请：按照当地规定的补偿程序，提交相应的证明材料和补偿申请。这些材料可能包括损失清单、现场照片、相关证明文件等。
等待审核与发放：提交申请后，需要等待政府部门的审核。一旦审核通过，补偿款项将会发放给受损者。
补偿经费的来源：
为了保障补偿的顺利进行，地方人民政府可以推动保险机构开展野生动物致害赔偿保险业务。此外，中央财政也会对预防、控制国家重点保护野生动物和其他致害严重的陆生野生动物造成危害的措施以及实行补偿所需经费予以补助。
二、特殊情况下的责任承担
当然，也存在一些特殊情况，此时的责任承担方可能会有所不同：
动物园动物造成的损失： 如果损失是由动物园的动物造成的，那么根据《中华人民共和国民法典》第一千二百四十八条，动物园应当承担侵权责任，除非它能证明自己已经尽到了管理职责。
相关部门管理不力导致的损失： 如果野生保护动物造成的损失是由于相关部门管理不力导致的，比如野生动物保护主管部门未能采取有效措施防止损害发生，那么这些部门可能需要承担相应的责任。
第三人过错： 如果损失是由于第三人的过错导致的，比如有人故意引诱野生动物进入农田造成损失，那么被侵权人既可以向野生动物保护管理等相关部门请求补偿，也可以直接向第三人请求赔偿。
总结与建议：
保护动物造成的损失，其责任承担主体主要依据具体情况而定。在一般情况下，由国家（通过当地人民政府）负责补偿。但在特殊情况下，如动物园管理不善、相关部门管理不力或第三人过错等情形，责任承担方会有所不同。因此，在处理此类问题时，我建议您首先仔细分析具体情况，然后依据相关法律法规进行妥善处理。如果可能的话，咨询专业的法律人士或野生动物保护机构以获取更具体的指导和帮助。