在电子招标中，若投标人未按要求提交纸质版投标文件，否决其投标是否合法，需根据具体情况及招标文件的规定来判断。以下从几个关键角度进行分析：

1. 招标文件的具体要求：

   • 核心要点：招标文件是招标活动的法律性文件，对投标文件的提交形式、内容、时间等均有明确规定。若招标文件明确要求投标人需同时提交电子版和纸质版投标文件，而投标人仅提交了电子版，未提交纸质版，则构成对招标文件要求的违反。
   • 法律后果：根据《中华人民共和国招标投标法》第二十七条，投标人应当按照招标文件的要求编制投标文件。未按照要求提交的，招标人有权依据招标文件的规定否决其投标。

2. 招标文件的法律效力：

   • 核心要点：招标文件一旦发布，即对招标人和投标人产生法律约束力。投标人参与投标，即视为接受招标文件的所有条款和条件。
   • 法律后果：若投标人未按招标文件要求提交纸质版投标文件，招标人有权依据招标文件的约定，认为其不满足投标条件，从而否决其投标。

3. 电子招标的特殊性：

   • 核心要点：在电子招标中，虽然电子版投标文件是主要的提交形式，但某些情况下，招标人可能出于存档、审查等需要，要求投标人同时提交纸质版投标文件。
   • 特殊情况处理：若招标文件未明确要求提交纸质版投标文件，而投标人主动提交了纸质版，这通常不会影响投标的有效性。但若招标文件有明确要求而投标人未提交，则可能面临被否决的风险。

4. 否决投标的合法性判断：

   • 合法性依据：否决投标必须基于招标文件的规定和法律法规的授权。若招标文件明确规定了未提交纸质版投标文件的后果为否决投标，且该规定不违反法律法规的强制性规定，则招标人否决投标的决定是合法的。
   • 程序合规性：招标人在否决投标时，应确保程序合规，如及时通知投标人、说明否决理由等，以保障投标人的合法权益。

建议与总结：

• 对投标人的建议：在参与电子招标时，务必仔细阅读招标文件，了解其对投标文件提交形式、内容、时间等的要求，并严格按照要求执行。若对招标文件有疑问，应及时向招标人咨询澄清。
• 对招标人的建议：在编制招标文件时，应明确、具体地规定投标文件的提交要求，包括是否需要提交纸质版投标文件等。在否决投标时，应确保程序合规、理由充分，以避免引发不必要的纠纷。
• 总结：在电子招标中，未按要求提交纸质版投标文件是否会被否决，主要取决于招标文件的具体规定。投标人应严格遵守招标文件的要求，招标人则应确保否决投标的决定合法、合规。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。