结论：怀孕期间辞职，公司是否有权扣除全勤奖，需根据具体情况判断，若全勤奖与出勤直接相关且辞职当月未满足全勤条件，公司有权不发放；若全勤奖属于固定福利或公司制度违法，则公司无权扣除。以下从不同角度详细分析：

一、全勤奖的性质与发放条件

全勤奖通常是公司为鼓励员工全勤而设立的奖励，其发放条件一般与员工的出勤情况直接挂钩。若公司规章制度明确规定“全勤奖需满足当月全勤（无迟到、早退、旷工、请假等）”，且您在辞职当月未满足这一条件（例如因个人原因提前离职导致未出满勤），则公司有权不发放全勤奖。
法律依据：根据《劳动合同法》第四条，公司有权依法制定规章制度，只要制度内容不违反法律强制性规定（如歧视性条款），且已向员工公示或告知，即可作为管理依据。

二、怀孕期间辞职的特殊性

怀孕期间，您享有《女职工劳动保护特别规定》等法律法规赋予的特殊保护，例如：

1. 不得因怀孕解除劳动合同：公司不得以您怀孕为由单方解除劳动合同（除非您存在严重违纪等法定情形）；
   
2. 产假与生育津贴：若您符合生育条件，可依法享受产假及生育津贴；
   
3. 工作安排限制：公司不得安排您从事禁忌劳动，且需根据医疗证明适当减轻劳动量或安排其他工作。
   

但全勤奖的发放与怀孕状态无直接关联，其核心仍取决于出勤情况。若您因怀孕需要保胎、产检等原因请假，导致未满足全勤条件，公司可依据制度不发放全勤奖；若您未请假且正常出勤，则公司无权扣除。

三、公司制度合法性的审查

若公司以“怀孕期间辞职”为由直接扣除全勤奖，可能涉及以下违法情形：

1. 制度内容违法：若公司规章制度规定“怀孕员工辞职一律不发放全勤奖”，属于歧视性条款，违反《劳动法》《妇女权益保障法》中“平等就业”的原则，该条款无效；
   
2. 未公示或告知制度：若公司未将全勤奖的发放条件向您公示或告知，您有权主张制度对您不产生约束力，要求公司发放全勤奖。
   

建议行动：

1. 核查公司制度：要求公司出示书面规章制度，确认全勤奖的发放条件及是否涉及歧视性条款；
   
2. 收集证据：保留考勤记录、请假记录、工资条等证据，证明您是否满足全勤条件；
   
3. 协商或投诉：若公司无正当理由扣除全勤奖，可先与公司协商；协商不成，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。

四、类似案例参考

实践中，劳动仲裁或法院通常以“是否满足全勤条件”作为判断全勤奖是否发放的核心标准。例如：

• 某员工因个人原因提前离职，未出满勤，仲裁委支持公司不发放全勤奖；
  
• 某员工怀孕期间正常出勤，公司以“怀孕期间辞职”为由扣除全勤奖，仲裁委认定公司制度违法，裁决补发全勤奖。

总结：公司是否有权扣除全勤奖，需结合全勤奖的发放条件、您的出勤情况及公司制度的合法性综合判断。若您认为公司行为违法，可进一步向我咨询具体维权步骤。