公司罚供应商款是否需要盖章以及是否合法，需分情况讨论：

1. 关于是否需要盖章
   若公司罚供应商款的行为属于合同约定的违约责任（如供应商未按合同履行义务，公司依据合同条款扣款），则需以书面形式通知供应商并加盖公司公章或合同专用章，以证明扣款行为的合法性及双方对违约责任的认可。若未盖章，供应商可能以“未达成合意”为由否认扣款效力，甚至引发纠纷。
   若扣款行为无合同依据（如公司单方面制定罚款规则），则盖章无法赋予其合法性，反而可能因“滥用权利”被认定为无效。

2. 关于合法性

   • 合法情形：若公司与供应商在合同中明确约定了违约责任（如“延迟交货每日扣合同金额的1%”），且扣款金额未超过实际损失的30%（参考《民法典》第585条关于违约金过高的调整规则），则扣款行为合法。此时盖章是履行合同程序的必要环节。
     
   • 违法情形：
     
     • 无合同依据：若公司未与供应商约定罚款条款，却单方面扣款，属于“擅自变更合同内容”，供应商可要求返还并主张赔偿。
       
     • 扣款金额过高：若扣款金额远超实际损失（如供应商仅延迟1天交货，公司扣款50%合同金额），供应商可请求法院或仲裁机构调整。
       
     • 行政处罚替代：若供应商行为违反行政法规（如环保不达标），公司无权直接罚款，应由行政机关处罚。
       

建议：

• 公司应通过书面合同明确违约责任条款，并确保扣款金额合理；
  
• 扣款时需向供应商发送加盖公章的书面通知，说明扣款原因、金额及依据；
  
• 若供应商拒绝扣款，可通过协商、诉讼或仲裁解决，避免单方面操作引发风险。
  

如有具体合同条款或扣款场景，可进一步向我咨询细节。