结论：招标文件未要求项目经理有在建工程，但实际有在建工程的情况下，是否可以废标，需结合具体情况分析，一般不能直接因此废标，但若该在建工程影响合同履行或违反相关法律法规，则可能导致废标。以下从不同角度进行详细分析：
一、招标文件的具体规定
无明确禁止情况：
- 若招标文件未对项目经理在建情况进行明确禁止，一般情况下不能直接因此废标。因为招标文件是招标活动的法律依据，未明确禁止即意味着允许或至少不构成废标的直接理由。
潜在影响合同履行：
- 尽管招标文件未明确禁止，但如果项目经理的在建工程可能严重影响本项目合同义务的履行，如导致项目经理精力分散、无法全身心投入本项目等，招标人在经过合法合规的调查和评估后，仍有可能决定取消其中标资格。这种情况下，废标是基于对合同履行能力的合理判断，而非单纯因为项目经理有在建工程。
二、相关法律法规层面
《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例：
- 这些法律法规并未直接规定项目经理有在建工程必须废标。它们主要关注的是招标活动的公平、公正和透明，以及投标人的资格条件是否符合招标文件的要求。
地方性规章和行业规定：
- 尽管国家层面未明确规定，但各省市建设主管部门可能制定了具体规章，对项目经理的在建项目情况进行限制。例如，要求项目经理提供无在建工程的证明等。如果投标人未遵守这些地方性规章，即使招标文件未明确禁止，也可能面临废标的风险。
三、项目合同与招标要求的关联
资格审查要求：
- 招标人常在资格审查要求中明确“项目经理无在建工程”，并要求提供相应证明。这是招标人为了确保项目经理能够全身心投入本项目而设定的条件。如果投标人未响应此要求或在投标文件中承诺不实，招标人有权根据招标文件和合同约定取消其中标资格。
合同履行风险：
- 项目经理有在建工程可能增加合同履行的风险，如项目经理无法按时到岗、无法协调好两个项目之间的关系等。这些风险可能影响项目的进度、质量和安全，因此招标人有权在评估后决定是否废标。
四、实际操作流程与特殊情况
公示期间的调查核实：
- 如果在公示期间发现项目经理有在建工程，招标人会进行调查核实。如果查证属实且违反招标文件或特定要求，招标人有权启动废标流程。
特殊情况与例外：
- 在特殊情况下，如项目经理的在建项目与本次招标项目无直接关联或影响较小，且经招标人同意，可能允许变更项目经理。但这需要严格遵循相关法律法规和招标文件规定，并非常见做法。
五、法律建议与风险提示
严格遵守招标文件：
- 投标人应仔细阅读招标文件，确保项目经理符合所有资格条件要求，包括在建工程情况。
提供真实准确的证明材料：
- 在投标文件中提供真实准确的证明材料，证明项目经理无在建工程或符合招标文件的其他要求。
关注地方性规章和行业规定：
- 投标人应关注并遵守各省市建设主管部门制定的具体规章和行业规定，以降低废标风险。
及时沟通与解释：
- 如果在公示期间发现项目经理有在建工程的情况，投标人应及时与招标人沟通解释，提供必要的信息和证明材料，以争取招标人的理解和支持。
总结：招标文件未要求项目经理有在建工程，但实际有在建工程的情况下，是否可以废标需结合具体情况分析。投标人应严格遵守招标文件和相关法律法规的要求，确保项目经理符合所有资格条件要求，以降低废标风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。