公司扣除生育津贴是否合法，需分情况讨论：
一般情况下，公司扣除生育津贴是违法的
- 根据《女职工劳动保护特别规定》第八条和《中华人民共和国社会保险法》第五十六条，生育津贴是国家为保障职业妇女因生育离开工作岗位期间的生活而设立的费用，由生育保险基金支付（若已参加生育保险），或由用人单位按产假前工资标准支付（若未参加生育保险）。生育津贴高于产假工资的，用人单位不得克扣；低于产假工资的，由用人单位补足差额。
- 举例：假设女职工小李的生育津贴为每月5000元，而她产假前的工资为每月4000元，那么公司应全额发放生育津贴5000元，不得扣除。若生育津贴为每月3000元，低于产假前工资，则公司应按产假前工资标准4000元发放，其中1000元的差额由公司补足，生育津贴3000元全部归小李所有，公司也不得扣除。
特定情况下，公司可按规定进行合法、合理且透明的扣除
- 扣除产假期间公司已支付的工资：若公司在产假期间已按正常工资标准支付工资，且生育津贴低于产假工资，则公司无需扣除生育津贴（因为生育津贴全部归公司以抵充部分工资支出），但产假工资应按原标准发放。若生育津贴高于产假工资，公司需将差额部分发放给女职工。
- 扣除个人应缴纳的社保费用和个税：女职工产假期间，公司仍需为其缴纳社保，其中个人应承担的部分，公司可从生育津贴中扣除。此外，单纯的生育津贴免征个人所得税，但若与其他收入合并计算后达到纳税标准，公司需按规定代扣代缴个税（仅针对合并后的超出部分）。
- 举例：女职工小张的生育津贴为每月4500元，产假前工资为每月4000元，且产假期间公司已按4000元标准支付了工资。同时，小张个人应承担的社保费用为每月500元。那么，公司可从生育津贴4500元中扣除500元社保费用，实际发放给小张4000元（与产假前工资持平，若生育津贴更高则发放差额）。
若公司违规扣除生育津贴，女职工可采取以下维权步骤：
- 与公司沟通协商：首先尝试与单位友好协商，了解扣发生育津贴的具体原因，指出其扣发行为不符合法律规定，要求单位及时足额发放。
- 向劳动争议调解委员会申请调解：若协商无果，可向当地劳动争议调解委员会提出请求，要求其主持调解，以寻求双方都能接受的解决方案。
- 准备证据材料：在维权过程中，女职工应收集并保留好相关证据，包括但不限于身份证原件及复印件、劳动合同、生育相关证明材料（如准生证、出生证明）、生育津贴发放记录（如单位通知、银行流水明细）等。
- 向劳动监察部门投诉：若调解未能解决问题，可向当地劳动监察部门投诉，提交上述证据材料。劳动监察部门会对投诉进行调查核实，责令违规单位限期改正并支付生育津贴。
- 申请劳动仲裁：若劳动监察部门的处理未能满足诉求，可向劳动争议仲裁委员会提起仲裁。仲裁申请书需详细载明个人信息、仲裁请求、事实和理由以及证据和证据来源等。
- 向法院提起诉讼：如对仲裁裁决不服，可在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，要充分准备证据，积极维护自己的合法权益。法院将依据事实和法律作出公正判决。
注意事项：
- 在整个维权过程中，保持冷静和理性，遵循法律程序。
- 注意保留所有与生育津贴相关的证据材料，以便在需要时提供。
综上所述，公司扣除生育津贴的合法性取决于具体情况。女职工应了解自己的法律权益和支付标准，并在必要时采取积极措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。