乡政府书记扣村支部书记工资是否合法，需分情况讨论：
若乡政府书记有合法依据扣工资：
- 在某些特定情况下，如村支部书记存在严重违反工作纪律、规章制度或法律法规的行为，且相关规章制度或法律法规明确规定了扣减工资作为处罚措施，同时该规章制度经过了合法的制定和公示程序，那么乡政府书记在履行相应程序后，扣减工资可能是合法的。但这种情况较为特殊，且需要严格的程序和依据支持。
若乡政府书记无合法依据扣工资：
- 侵犯财产权：工资是劳动者基于岗位履职所获得的报酬，属于劳动者的个人财产。乡政府书记无故扣减村支部书记的工资，限制了村支部书记对其个人财产的自由支配权，从民事法律角度看，构成对村支部书记财产权的侵犯。
- 可能涉及违法行为：如果乡政府书记利用职务之便，将扣减的工资据为己有，且数额达到一定标准，可能涉嫌职务侵占罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，将面临相应的刑事处罚。此外，如果乡政府书记的行为符合贪污罪或诈骗罪的构成要件，还将可能面临更严重的法律责任。
法律建议：
- 沟通协商：首先，村支部书记可以尝试与乡政府书记进行沟通，了解扣减工资的具体原因，并要求提供合法的依据。如果沟通无果，或者认为扣减工资的行为不合法，可以进一步采取其他措施。
- 向相关部门反映：村支部书记可以向乡镇政府、纪委监委或公安机关等相关部门反映情况，寻求帮助和支持。这些部门有权对乡政府书记的行为进行调查和处理，以维护村支部书记的合法权益。
- 法律途径：如果认为乡政府书记的行为严重侵犯了自己的合法权益，村支部书记还可以考虑通过法律途径解决争议，如提起民事诉讼或刑事控告等。
后续行动中可能需要的法律知识：
- 了解相关法律法规：村支部书记需要了解《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国刑法》等相关法律法规中关于工资支付、财产权保护以及职务侵占、贪污等犯罪行为的规定，以便更好地维护自己的合法权益。
- 保留证据：在沟通过程中或采取其他措施时，村支部书记应注意保留相关证据，如工资条、扣减工资的通知、沟通记录等，以便在需要时提供证明。
总之，乡政府书记扣村支部书记工资是否合法，取决于是否有合法依据以及具体行为是否符合相关法律法规的规定。如果认为自己的合法权益受到侵犯，村支部书记应及时采取措施维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。