若员工申请延迟退休3年但未做满三年，具体处理方式需结合劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规综合判断，以下分情况说明：

1. 劳动合同或协议中有明确约定
   若员工在申请延迟退休时，与公司签订了书面协议（如补充劳动合同、退休返聘协议等），且协议中明确约定了服务期限（如“延迟退休3年”）、未满服务期的违约责任（如赔偿金、扣发部分福利等），则需按协议执行。

   • 若员工主动离职：公司可依据协议要求员工承担违约责任（如支付违约金），但违约金金额需符合《劳动合同法》规定（一般不超过公司提供的专项培训费用或保密补偿费用）。
     
   • 若公司因经营需要提前终止协议：需与员工协商一致，并可能需支付经济补偿（如未满服务期的部分工资或福利）。

2. 劳动合同或协议中未明确约定服务期限
   若双方未签订书面协议，或协议中未明确约定服务期限及违约责任，则需依据《劳动合同法》《民法典》等法律法规处理：

   • 员工主动离职：公司无权强制要求员工继续工作，但可主张员工返还公司已支付的特殊福利（如补充养老保险、商业医疗保险等，若福利与延迟退休直接相关且员工未履行对应义务）。
     
   • 公司提前终止劳动关系：需按《劳动合同法》规定支付经济补偿（如工作年限对应的工资补偿），且不得以“未满延迟退休期限”为由克扣员工合法权益。

3. 公司规章制度中有相关规定
   若公司规章制度（如《员工手册》）中明确规定了延迟退休的服务期限及违约责任，且该制度已通过民主程序制定并公示（或已告知员工），则可能对员工产生约束力。但需注意：

   • 规章制度内容需合法合理（如违约金不得过高）；
     
   • 公司需证明员工知晓并同意该制度（如签字确认）；
     
   • 若制度与法律法规冲突（如强制要求员工工作满3年否则扣发工资），则冲突部分无效。

4. 特殊情况：员工因健康或家庭原因提前退休
   若员工因身体原因（如患病、伤残）或家庭原因（如照顾直系亲属）无法继续工作，且能提供相关证明（如医院诊断证明、社区证明等），则公司应予以理解并协商终止劳动关系，一般无需承担违约责任。但公司可要求员工返还已支付的特殊福利（如未履行对应义务的部分）。

建议：

• 对员工：若公司要求承担违约责任，可先核对劳动合同、协议及规章制度内容，确认责任是否合法合理；若认为公司要求过高，可与公司协商或通过劳动仲裁维护权益。
  
• 对公司：若员工未满服务期离职，可依据协议或制度主张权利，但需确保依据合法；若需提前终止劳动关系，应按法律规定支付补偿，避免引发劳动纠纷。
  

如有具体协议内容或公司制度条款，可进一步提供细节，我会为您分析具体法律风险及应对方案。