关于“迟到扣50元是否合法”的问题，结论前置如下：
- 若用人单位有合法有效的规章制度，且扣款金额合理，则合法。
- 若用人单位无相关规章制度，或规章制度制定程序不合法，或扣款金额不合理，则不合法。
以下是对此问题的详细分析：
一、合法情形
存在合法有效的规章制度：
- 制定程序合法：用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。考勤制度作为涉及劳动者切身利益的规章制度，其制定需遵循这一程序。
- 内容合理：规章制度中规定的迟到处罚标准（如迟到一次扣50元）应在合理范围内，与员工给企业造成的经济损失或影响程度相匹配，并考虑员工的工资水平。若员工月工资较高，扣除50元作为惩戒通常被认为是合理的。
- 公示与告知：用人单位应将规章制度进行公示或告知劳动者，常见的公示方式包括在公司公告栏张贴、通过内部办公系统发布、组织员工培训学习并签字确认等。
扣款金额合理：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。因此，如果迟到扣50元未超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准，则扣款行为合法。
二、不合法情形
无相关规章制度或未履行合法程序：
- 如果用人单位没有制定关于迟到扣款的规章制度，或者虽有制度但未经过合法的制定和公示程序，那么随意以迟到为由扣员工50元工资就是违法的。
规章制度不合理：
- 即使有用人单位合法制定和公示的规章制度，但如果迟到扣50元的标准明显过高，对员工造成了不合理的经济负担，也可能被认定为违反劳动法。例如，对于低薪员工而言，高额的扣款可能构成不合理的经济压力。
违反最低工资标准：
- 如果因多次迟到导致扣除的工资数额较大，使得员工当月实际领取的工资低于当地最低工资标准，那么这种扣除行为也是违法的。用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
三、劳动者权益保护
如果劳动者认为用人单位的迟到扣款行为侵犯了自己的合法权益，可以采取以下措施维护自己的权益：
- 协商解决：首先尝试与用人单位进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁：如果投诉未能解决问题，劳动者还可以依法申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。
总结来说，迟到扣50元是否合法，取决于用人单位是否有合法有效的规章制度、扣款金额是否合理以及是否违反最低工资标准等因素。劳动者在遇到相关问题时应了解自己的权益，并采取适当的措施进行维权。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。