公司缺卡扣钱是否合法，需分情况讨论：

1. 若公司规章制度明确规定缺卡扣钱，且该制度经过民主程序制定并公示，同时扣钱金额合理：

   • 在这种情况下，公司因员工缺卡而扣钱的行为，通常被视为合法。因为公司规章制度是公司内部管理的重要依据，只要其制定程序合法、内容合理且已公示，员工就应当遵守。缺卡扣钱作为规章制度中的一项内容，如果符合上述条件，那么公司依据此制度进行扣款，是合法的。

2. 若公司规章制度未明确规定缺卡扣钱，或规定不明确，或扣钱金额不合理：

   • 在这种情况下，公司因员工缺卡而扣钱的行为，可能被视为不合法。因为公司规章制度是公司对员工进行管理的基础，如果规章制度中未明确规定缺卡扣钱，或者规定不明确，那么公司就不能随意对员工进行扣款。此外，即使规章制度中有规定，但如果扣钱金额不合理，比如扣款金额过高，超出了员工因缺卡可能给公司造成的实际损失，那么这种扣款行为也可能被视为不合法。

3. 若公司以缺卡为由扣钱，但实际并未因缺卡给公司造成损失：

   • 在这种情况下，公司扣钱的行为也可能被视为不合法。因为公司扣款的依据应当是员工因缺卡给公司造成的实际损失，如果公司并未因缺卡遭受任何损失，那么就没有理由对员工进行扣款。

法律建议：

• 对于员工：如果公司因缺卡而扣钱，员工应首先查看公司的规章制度，了解其中是否有相关规定以及规定的合理性。如果认为公司的扣款行为不合法，可以与公司进行协商，要求公司退还扣款。如果协商无果，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

• 对于公司：公司应制定合法、合理、明确的规章制度，并确保这些制度经过民主程序制定并公示。在制定缺卡扣钱等涉及员工切身利益的制度时，应充分考虑员工的实际情况和公司的实际损失，确保扣款金额合理。同时，公司应加强对员工的培训和教育，提高员工的纪律意识和法律意识，减少因缺卡等行为给公司带来的损失。

可能法律后果：

• 如果公司因缺卡扣钱的行为被认定为不合法，公司可能需要退还扣款，并可能面临劳动监察部门的处罚或劳动仲裁的裁决。此外，这种不合法行为还可能影响公司的声誉和形象，对公司的长期发展产生不利影响。

总之，公司缺卡扣钱是否合法，需根据具体情况进行判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。