用人单位未经批准擅自实行综合计算工时工作制（综合工时制）是违法的，将面临一系列法律后果。以下是对此问题的详细分析：
一、主要处罚措施
责令改正与警告
- 劳动行政部门有权责令用人单位立即停止违规实行综合工时制的行为，并要求其恢复按照标准工时制度工作，或重新依法申请并获批后再实施综合工时制。
- 同时，劳动行政部门可以对用人单位发出书面警告，警示其行为已经违反劳动法律法规，并要求其在规定期限内进行整改。
补办审批手续
- 用人单位需要尽快补办综合工时制度的审批手续，以确保其工时制度的合法性。若未能在规定时间内补办，可能面临更严厉的处罚。
罚款
- 若用人单位拒不执行改正要求或未按时补办审批手续，劳动行政部门将对其处以罚款。罚款的具体金额各地规定可能有所不同，但通常会依据违法情节、涉及劳动者人数等因素来确定。例如，某些地区可能规定对情节较轻的处以几千元罚款，情节严重的则可能会处以数万元的罚款。也有地区明确规定罚款金额为5000元以上1万元以下。
支付加班费与经济补偿
- 如果因为用人单位违规实行综合工时制，导致劳动者加班且未依法获得加班费，或者劳动者的休息休假权益受到侵害等，用人单位需要承担赔偿责任。这包括支付足额的加班费、未休年假工资报酬，以及对劳动者因工作时间过长导致的身体损害进行赔偿等。
二、劳动者的权利与救济途径
- 要求支付加班费或经济补偿：劳动者在面临用人单位未经批准擅自实行综合工时制的情况时，有权要求企业按照法律规定支付加班费或经济补偿。
- 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动者与用人单位因此产生劳动争议，劳动者可以通过申请劳动仲裁或提起诉讼的方式来维护自己的合法权益。在申请劳动仲裁或提起诉讼时，劳动者应提供充分的证据，如工作记录、加班通知等，以证明用人单位的违法行为。
三、对企业的建议
- 及时申请审批：企业应尽快向当地劳动行政部门申请综合工时制审批，确保合法合规。申请时需提交完整材料，包括企业营业执照副本、申请报告、工时管理制度等。
- 规范工时管理：在审批通过前，企业应严格按照标准工时制管理员工工作时间，确保不违反法律规定。如有加班情况，需按法律规定支付加班费。
- 承担法律责任：若已被认定违法，企业应积极配合劳动行政部门的调查和处理，及时改正违法行为，并承担可能的法律后果和赔偿责任。
总结来说，用人单位未经批准擅自实行综合工时制是违法的，将面临责令改正、警告、罚款以及支付加班费与经济补偿等法律后果。劳动者在面对此类情况时，应积极维护自己的合法权益，通过申请劳动仲裁或提起诉讼等方式来寻求救济。同时，企业也应加强工时管理，确保合法合规，避免不必要的法律风险和经济损失。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。