违约金应当开具发票。以下从不同角度进行分析：

1. 从发票管理法规角度： 根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。客人订房后未入住，酒店扣除的违约金本质上属于酒店因客人违约而获得的经营性收入，属于酒店经营活动中的收款行为，因此酒店有义务为客人开具发票。

2. 从税务处理角度： 从税务层面来看，酒店收取的违约金属于其应税收入的一部分。酒店需要按照规定缴纳相应的税款，而发票是税务机关进行税收征管的重要依据。开具发票可以确保酒店收入的合法性和透明度，便于税务机关进行监管和核算。如果酒店不开具发票，可能会面临税务风险，如被税务机关认定为偷税漏税行为，从而受到相应的处罚。

3. 从消费者权益保护角度： 对于客人而言，要求酒店开具违约金发票是其合法权益。发票是客人支付款项的凭证，也是客人维护自身权益的重要证据。如果客人在后续与酒店就违约金问题产生纠纷，发票可以作为客人支付违约金的直接证明，有助于客人维护自己的合法权益。