针对您提出的“未入住酒店收违约金开发票合法吗”这一问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：
首先，关于酒店未入住收取违约金的问题，这主要取决于酒店与消费者在预定协议中的约定。如果协议中明确列明了违约金的相关条款，并且这些条款符合当地的法律法规，那么酒店在消费者未能履行入住义务的情况下，是有权要求支付相应违约金的。这一行为在法律上是具有依据的。
接下来，关于违约金开发票的问题，我们需要明确的是，发票是交易活动的直接证据，也是财务报销和税务申报的重要依据。在酒店收取违约金的情况下，如果这笔费用被视为酒店的一种收入，那么酒店应当为消费者开具相应的发票。这不仅符合税务法规的要求，也是保护消费者权益的一种体现。
然而，是否开具发票还取决于具体的交易情况和当地的税务规定。在某些情况下，如果违约金被视为一种赔偿或罚款，而不是酒店的正常收入，那么可能不需要开具发票。但这种情况相对较少，且需要具体的税务解释和规定来支持。
为了确保您的权益得到保障，我建议您在遇到此类情况时，可以采取以下措施：
仔细阅读预定协议：在预订酒店时，务必仔细阅读协议中的各项条款，特别是关于违约金和发票开具的部分。
与酒店沟通：如果您对协议中的条款有疑问或需要进一步的解释，可以与酒店进行沟通，明确双方的权利和义务。
要求开具发票：如果酒店要求您支付违约金，并且您认为这笔费用应当开具发票，那么您可以向酒店提出要求。如果酒店拒绝开具发票，您可以考虑向当地的税务部门或消费者协会进行投诉。
综上所述，未入住酒店收违约金并开发票在法律上是有可能合法的，但具体取决于酒店与消费者在预定协议中的约定以及当地的税务规定。为了确保您的权益得到保障，建议您在遇到此类情况时仔细阅读协议、与酒店沟通并要求开具发票。