针对实际施工人为自然人，在造价鉴定时规费、企业管理费等被扣减的情况，可以从以下几个角度进行抗辩：
规费和企业管理费的性质与归属
- 规费：通常包括社会保险费、住房公积金等，这些费用是实际施工人因雇佣工人而必须承担的法定费用。即使实际施工人为自然人，只要其雇佣了工人，就应当享有规费的补偿。可以强调，规费并非企业特有的费用，而是与用工行为直接相关，因此不应被随意扣减。
- 企业管理费：虽然自然人施工人可能不具备传统意义上的“企业管理”结构，但其在施工过程中必然会产生一定的管理成本，如现场协调、材料采购、质量监督等。这些成本是实际施工人为了完成工程而必须支出的，应当得到合理的补偿。可以主张，企业管理费应理解为实际施工人在施工过程中的管理成本，而非仅限于企业层面的管理费用。
造价鉴定的依据与合理性
- 审查鉴定依据：要求造价鉴定机构提供其扣减规费和企业管理费的法律依据或合同依据。如果鉴定机构无法提供充分的依据，可以质疑其鉴定结果的合法性和合理性。
- 对比市场行情：可以收集同类工程的市场造价数据，特别是规费和企业管理费的支付情况，以证明鉴定机构扣减的费用低于市场平均水平，从而不合理地降低了实际施工人的应得收益。
合同条款的解释与适用
- 合同约定：仔细审查施工合同中关于规费和企业管理费的条款。如果合同中有明确约定这些费用应由发包方承担或计入工程造价，可以依据合同条款进行抗辩。
- 合同解释原则：在合同条款存在歧义或不明确时，可以运用合同解释原则（如有利于非起草方解释、目的解释等）来主张规费和企业管理费应计入工程造价。
实际施工人的权益保护
- 法律地位：强调实际施工人作为工程建设的直接参与者，其合法权益应得到法律的保护。扣减规费和企业管理费可能损害实际施工人的合法权益，违反公平、公正的原则。
- 类似案例参考：可以寻找并引用类似案例，其中法院或仲裁机构支持了实际施工人关于规费和企业管理费的诉求，以增强抗辩的说服力。
在抗辩过程中，还可以采取以下具体措施：
- 申请重新鉴定：如果认为原造价鉴定结果存在明显错误或不合理之处，可以向法院或仲裁机构申请重新鉴定，并提供充分的证据和理由支持重新鉴定的请求。
- 收集证据材料：积极收集与规费和企业管理费相关的证据材料，如工人工资单、社会保险缴纳记录、现场管理照片等，以证明实际施工人在施工过程中确实产生了这些费用。
- 咨询专业意见：在抗辩过程中，可以咨询工程造价专家或律师的专业意见，以获取更专业的支持和指导。
最后，需要强调的是，每个案件的具体情况都有所不同，因此在实际操作中应根据案件的具体情况制定合适的抗辩策略。如果在实际操作中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。