结论：在案子进入执行扣款阶段后，对方提出存在工程质量问题且已超出诉讼时效，这并不意味着对方的主张必然无效或您必然无需承担责任。具体是否需承担责任，需结合工程质量问题的实际情况、诉讼时效的具体规定以及双方合同中的相关条款来综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、工程质量问题的实际影响
工程质量问题的存在性：
- 首先，需要确认对方提出的工程质量问题是否真实存在。这通常需要通过专业的工程质量鉴定机构进行鉴定。
- 如果鉴定结果显示确实存在质量问题，且该问题与您的施工行为有直接关联，那么您可能需要承担相应的修复、赔偿等责任。
工程质量问题的严重性：
- 工程质量问题的严重性也是判断您是否需承担责任的重要因素。如果问题轻微，且不影响整体工程的使用和安全，那么您可能只需承担较小的修复责任。
- 如果问题严重，导致工程无法正常使用或存在安全隐患，那么您可能需要承担更大的赔偿责任，甚至可能面临法律制裁。
二、诉讼时效的具体规定
诉讼时效的起算点：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，诉讼时效通常从权利人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
- 在建设工程领域，诉讼时效的起算点可能因合同条款、工程验收、结算等具体情况而有所不同。
诉讼时效的期间：
- 一般的诉讼时效期间为三年，但法律另有规定的除外。
- 如果对方提出的工程质量问题已经超出了诉讼时效期间，且没有诉讼时效中断、中止等法定情形，那么您原则上可以主张对方丧失胜诉权。
诉讼时效的抗辩：
- 在执行阶段，如果对方提出工程质量问题并主张赔偿，您可以提出诉讼时效抗辩，即主张对方的主张已经超出了诉讼时效期间。
- 但需要注意的是，诉讼时效抗辩需要在法庭审理阶段提出，且需要提供相应的证据证明对方的主张已经超出了诉讼时效。
三、合同条款的约定
质量保证条款：
- 双方签订的建设工程合同中可能包含质量保证条款，明确约定了工程质量的保证期限、保修责任等。
- 如果合同中有明确约定，且对方提出的质量问题在质量保证期限内，那么您可能需要按照合同约定承担相应的责任。
争议解决条款：
- 合同中还可能包含争议解决条款，约定了双方在发生争议时的解决方式，如仲裁、诉讼等。
- 如果合同中有明确约定，且对方提出的质量问题属于合同约定的争议范围，那么您需要按照合同约定的方式解决争议。
四、综合判断与应对策略
核实工程质量问题：
- 首先，您需要核实对方提出的工程质量问题是否真实存在，以及问题的严重性和影响范围。
审查诉讼时效：
- 其次，您需要审查对方提出的主张是否已经超出了诉讼时效期间，以及是否存在诉讼时效中断、中止等法定情形。
依据合同条款应对：
- 根据合同中的质量保证条款和争议解决条款，您需要制定相应的应对策略，如与对方协商修复、赔偿等事宜，或者通过法律途径解决争议。
寻求专业法律帮助：
- 在处理此类复杂问题时，建议您寻求专业律师的帮助，以便更准确地判断形势、制定策略并维护自身权益。
最后，面对对方在执行阶段提出的工程质量问题及诉讼时效抗辩，您需要冷静分析、全面考虑，并依据相关法律法规和合同条款来制定应对策略。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。