原告主张工程款，被告反诉质量问题同样受诉讼时效的限制。以下是对这一结论的详细阐述：

1. 诉讼时效的普遍适用性：

   • 诉讼时效是法律规定的一种时间限制，旨在督促权利人及时行使权利，避免法律关系长期处于不确定状态。这一制度适用于所有类型的民事纠纷，包括建设工程合同纠纷。

2. 工程款与质量问题的独立性：

   • 在建设工程合同纠纷中，原告主张工程款是基于其完成工程后应得的报酬；而被告反诉质量问题则是基于原告完成的工程存在瑕疵或不符合约定。这两个主张在法律上是独立的，各自受诉讼时效的约束。

3. 诉讼时效的起算与中断：

   • 对于原告主张的工程款，诉讼时效通常从工程竣工验收合格或双方结算之日起算。若在此期间内，原告未向被告主张权利，则可能丧失胜诉权。
   • 对于被告反诉的质量问题，诉讼时效的起算点可能因具体情况而异，但通常与工程质量问题的发现时间、双方协商处理的时间等因素有关。若被告在发现质量问题后未及时提出反诉，同样可能面临诉讼时效过期的问题。

4. 法律建议：

   • 无论是原告主张工程款还是被告反诉质量问题，都应及时行使权利，避免诉讼时效过期导致法律风险的增加。
   • 在实际操作中，建议双方在施工合同中明确约定工程款支付时间、质量标准及验收程序等关键条款，以便在发生纠纷时能够有据可依。
   • 如遇诉讼时效问题或其他法律纠纷，建议及时咨询专业律师，以便获得有效的法律帮助和支持。

综上所述，原告主张工程款和被告反诉质量问题均受诉讼时效的限制。双方在处理建设工程合同纠纷时，应充分了解并遵守相关法律法规，及时行使权利并履行义务。