结论：公司无权随意追回已发放的工资，除非能证明员工确实违反了公司制度且该制度合法有效，同时违反制度的行为与工资发放有直接关联。以下从多个角度为你详细分析：
一、公司制度合法性角度
- 公司制度需合法制定：公司制度要成为追回工资的合法依据，首先必须是通过合法程序制定的，比如经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定等。如果公司制度制定程序不合法，那么该制度对员工不具有约束力，公司不能依据此制度追回工资。
- 举例：若公司只是老板单方面制定了一个制度，没有经过任何民主程序，也没有告知员工，那么这个制度在法律上可能是无效的，公司不能依据它来追回工资。
- 公司制度内容需合法：制度内容不能违反法律法规的强制性规定。例如，不能规定员工迟到一次就扣除全部工资，这种明显不合理的规定是无效的。
- 举例：根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。如果公司制度规定的扣除比例超过了这个限度，那么超出部分是无效的。
二、员工违反制度与工资关联角度
- 违反制度与工资发放有直接因果关系：公司要追回工资，必须证明员工违反制度的行为直接导致了工资的不当发放。比如，员工通过虚假考勤骗取了工资，公司发现后可以追回这部分工资。
- 举例：员工每天打卡记录显示正常上班，但实际上经常旷工，通过虚假考勤获得了全额工资，公司核实情况后可以追回其旷工期间不应获得的工资。
- 违反制度与工资发放无直接因果关系：如果员工违反制度的行为与工资发放没有直接关系，公司则不能追回工资。例如，员工违反了公司的保密制度，但并没有因此导致公司多支付工资，公司就不能以违反保密制度为由追回已发放的工资。
- 举例：员工将公司的商业秘密泄露给了竞争对手，但公司每月是按照正常的工作量和绩效发放工资的，没有因为这次泄密事件多给员工发工资，那么公司就不能追回已发放的工资，不过可以依据保密协议等要求员工承担其他违约责任。
三、公司追回工资的程序角度
- 公司需提供充分证据：公司要追回工资，必须提供充分的证据证明员工违反了制度以及违反制度与工资发放的关系。这些证据可以包括考勤记录、监控视频、工作报告、证人证言等。
- 举例：公司怀疑员工虚假报销费用，那么需要提供员工的报销单据、相关的消费凭证、审批流程记录等证据，证明员工的报销行为违反了公司制度，并且多报销了费用。
- 与员工协商或通过法律途径解决：公司不能直接从员工工资中扣除追回的款项，而应该先与员工进行协商，说明情况，争取员工的理解和配合。如果协商不成，公司可以通过劳动仲裁等法律途径来解决。
- 举例：公司发现员工多领了奖金，先与员工沟通，解释多领奖金的原因和公司要追回的意图，如果员工不同意，公司可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求员工返还多领的奖金。
建议：如果你认为公司追回工资的行为不合理，可以先与公司进行沟通，要求公司说明追回工资的依据和理由，并查看相关的公司制度。如果沟通无果，你可以收集相关证据，如工资条、劳动合同、公司制度等，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。如果你在这个过程中有任何疑问或需要进一步的帮助，可以直接向我咨询。