结论：在行政复议中，若发现行政行为存在违法瑕疵但事实清楚，复议机关的处理方式需根据违法瑕疵的性质和程度来决定，通常包括确认违法、撤销并责令重作或维持但指出瑕疵等几种情况。

详细分析：

1. 确认违法：

   • 情形：当行政行为存在程序违法或轻微实体违法，但这些违法并未影响行政行为的实质公正性，且事实清楚时，复议机关可能会选择确认该行政行为违法。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国行政复议法》的相关规定，复议机关在审查行政行为时，若发现其违法但不影响实体公正，可以确认其违法。
   • 后果：确认违法后，原行政行为虽被认定为违法，但通常不会直接撤销，除非该违法对当事人权益造成了实际损害。

2. 撤销并责令重作：

   • 情形：若行政行为的违法瑕疵较为严重，如程序严重违法、超越职权或滥用职权等，且这些违法直接影响了行政行为的合法性和公正性，复议机关可能会撤销该行政行为，并责令原行政机关重新作出。
   • 法律依据：同样依据《中华人民共和国行政复议法》，复议机关在认为行政行为违法且需要重新作出时，有权撤销并责令重作。
   • 后果：撤销后，原行政行为失去法律效力，原行政机关需在法定期限内重新作出行政行为。

3. 维持但指出瑕疵：

   • 情形：在某些特殊情况下，如行政行为的事实认定清楚，但存在某些程序上的小瑕疵或表述上的不准确，且这些瑕疵并未对当事人权益造成实际影响时，复议机关可能会选择维持原行政行为，但同时指出其中的瑕疵。
   • 法律依据：虽然直接的法律条文可能并未明确规定此种处理方式，但复议机关在行使复议权时，有权根据案件具体情况进行灵活处理，以维护行政行为的稳定性和公正性。
   • 后果：维持原行政行为意味着其继续有效，但原行政机关需注意在今后的工作中避免类似瑕疵的出现。

建议与行动指南：

• 对于当事人：若您认为行政行为存在违法瑕疵，且该瑕疵影响了您的合法权益，您可以向复议机关提出行政复议申请。在申请中，您应详细陈述行政行为的违法事实、理由及依据，并提供相关证据材料。
• 对于复议机关：在审查行政复议案件时，应全面、客观地审查行政行为的合法性、公正性及事实认定情况。对于存在违法瑕疵的行政行为，应根据违法瑕疵的性质和程度，依法作出相应的复议决定。
• 对于原行政机关：在接到复议决定后，若复议决定要求撤销并责令重作或指出瑕疵并要求改正的，原行政机关应认真对待，及时改正错误，并在今后的工作中加强法律学习和业务培训，提高行政行为的合法性和公正性。

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