若行政复议受理后，申请人对被申请人的回复事实不清、依据有质疑，可以采取以下措施：

1. 仔细审查被申请人回复，明确质疑点：

   • 首先，申请人需要详细阅读被申请人的回复，明确指出哪些事实部分不清楚，哪些法律依据存在质疑。这是后续提出异议和补充证据的基础。

2. 在复议程序中提出书面异议：

   • 根据《中华人民共和国行政复议法》的相关规定，申请人有权在复议过程中对被申请人的回复提出书面异议。异议内容应具体、明确，针对被申请人回复中的事实不清和依据不足部分进行阐述。
   • 例如，可以指出：“被申请人回复中提到的XX事实缺乏证据支持，且其引用的XX法律依据与本案情况不符，请求复议机关予以核实并作出公正裁决。”

3. 补充证据材料以支持自己的主张：

   • 如果申请人认为被申请人的回复缺乏事实依据，可以积极收集并提交相关证据材料，以证明自己的主张。这些证据材料可以是书面文件、照片、视频、证人证言等，只要能够证明申请人主张的事实即可。
   • 例如，如果申请人认为被申请人对某项事实的认定有误，可以提交相关合同、发票、交易记录等证据来证明自己的观点。

4. 申请复议机关进行调查取证：

   • 在复议过程中，如果申请人认为有必要，可以向复议机关申请调查取证。复议机关有权根据申请人的申请，对相关事实进行调查核实，并收集相关证据。
   • 这一步骤对于查明事实真相、维护申请人合法权益具有重要意义。因此，如果申请人认为被申请人的回复存在事实不清的情况，应积极向复议机关提出调查取证的申请。

5. 关注复议机关的审理过程，及时行使权利：

   • 在复议机关审理过程中，申请人应密切关注审理进展，及时行使自己的权利。例如，可以参加复议机关组织的听证会、辩论会等，就争议焦点进行陈述和辩论。
   • 同时，申请人也有权对复议机关的审理程序提出异议，如果认为复议机关的审理程序存在违法或不当之处，可以及时提出并要求复议机关予以纠正。

6. 对复议决定不服的，可以依法提起行政诉讼：

   • 如果申请人对复议机关作出的复议决定不服，可以依法在收到复议决定书之日起十五日内向人民法院提起行政诉讼。这是申请人维护自己合法权益的最后一道法律屏障。
   • 在提起行政诉讼时，申请人需要准备充分的证据材料，并按照法院的要求进行诉讼活动。通过行政诉讼，申请人可以进一步阐述自己的主张，并请求法院对复议决定进行审查并作出公正裁决。

在处理此类问题时，申请人需要注意以下几点：

• 保持冷静和理性：在面对行政复议等法律程序时，申请人应保持冷静和理性，避免情绪化地处理问题。只有客观、冷静地分析问题，才能更好地维护自己的合法权益。
• 及时咨询专业律师：如果申请人对法律程序或相关法律规定不熟悉，可以及时咨询专业律师。律师可以为申请人提供专业的法律意见和帮助，确保申请人在复议过程中能够充分行使自己的权利。
• 遵守法律程序和规定：在复议过程中，申请人应严格遵守法律程序和规定，按照复议机关的要求提交相关材料、参加听证会等。只有遵守法律程序和规定，才能确保复议过程的顺利进行和复议结果的公正性。

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