已经立案的行政处罚案件若经调查确认没有违法事实，行政机关应当依法撤销案件。具体处理方式及法律依据如下：

1. 撤销案件的法定程序
   根据《行政处罚法》第五十七条第三款，行政机关在调查终结后，若发现违法行为不成立（即无违法事实），应当作出不予行政处罚的决定。若案件已立案但尚未作出处罚决定，行政机关应主动启动内部审查程序，经负责人批准后撤销案件，并制作《撤销案件决定书》送达当事人。

2. 对当事人权利的保障

   • 知情权：行政机关需将撤销案件的决定及理由书面告知当事人，确保其知情权。
     
   • 异议权：若当事人认为撤销决定违法（如行政机关未依法调查或存在程序错误），可依据《行政复议法》或《行政诉讼法》申请复议或提起诉讼，要求撤销错误决定并确认原立案行为违法。
     
   • 信用修复：若案件撤销前已对当事人产生不良影响（如公示、记录等），当事人可要求行政机关出具证明文件，用于消除影响或修复信用。

3. 行政机关的责任与监督

   • 内部追责：若撤销案件系因行政机关工作人员故意隐瞒证据、滥用职权或严重失职导致，可能触发内部问责程序，相关人员需承担行政责任。
     
   • 外部监督：上级行政机关或监察机关可通过行政监督、审计等方式对撤销案件的合法性进行审查，确保程序公正。

4. 特殊情形处理

   • 证据不足与无违法事实的区别：若行政机关仅因证据不足无法证明违法事实存在，而非确认无违法事实，则不得直接撤销案件，而应继续调查或补充证据。若最终仍无法证明，则需按“证据不足”处理，可能作出不予处罚决定而非撤销案件。
     
   • 当事人主动举证：若当事人在调查阶段提供关键证据证明无违法事实，行政机关需依法采纳并重新审查，不得忽视或拒绝。

建议：若您作为当事人遇到此类情况，可要求行政机关出具书面撤销决定，并保留相关证据（如立案通知书、调查记录等）。若行政机关拒绝撤销或处理不当，可依法申请复议或提起诉讼，维护自身权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。