结论：在职员工离职谈赔偿时，发现其旗下有公司，这一情况是否会产生影响，主要取决于该员工旗下公司的性质、与在职公司的关系以及离职赔偿的具体事项。以下从不同角度进行分析：
旗下公司性质与在职公司无直接关联：
- 如果员工旗下的公司与在职公司没有业务往来、股权关系或其他直接关联，那么该员工旗下公司的存在通常不会对离职赔偿产生直接影响。离职赔偿主要依据的是员工与在职公司之间的劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规来确定。
旗下公司性质与在职公司存在潜在利益冲突：
- 如果员工旗下的公司与在职公司存在业务竞争、股权关联或其他可能产生利益冲突的情况，那么在职公司可能会在离职赔偿谈判中考虑这一因素。例如，公司可能会担心员工离职后利用旗下公司的资源与在职公司竞争，从而在赔偿谈判中提出更严格的条件或要求员工签署竞业限制协议等。
离职赔偿的具体事项：
- 离职赔偿通常包括经济补偿金、未休年假工资、加班费、奖金等。如果员工旗下公司的存在与这些赔偿事项无直接关联，那么它就不会对赔偿产生影响。但是，如果员工在职期间利用旗下公司进行不当行为（如虚报费用、挪用资金等），那么在职公司可能会在离职赔偿谈判中提出相应的扣减或追偿要求。
法律合规性考虑：
- 无论员工旗下公司是否存在，离职赔偿的谈判和确定都必须遵守相关法律法规的规定。例如，经济补偿金的计算必须依据《劳动合同法》的相关规定进行，不能随意扣减或增加。如果员工认为在职公司的赔偿要求不合理或违法，可以通过劳动仲裁等法律途径来维护自己的权益。
建议：
- 对于员工而言，在离职谈判前应充分了解自己的权益和在职公司的相关规定，确保自己的赔偿要求合理合法。如果旗下公司的存在可能对离职赔偿产生影响，应提前与在职公司进行沟通并说明情况。
- 对于在职公司而言，在离职赔偿谈判中应保持公正和合理，遵守相关法律法规的规定。如果担心员工离职后利用旗下公司与在职公司竞争，可以通过签署竞业限制协议等方式来保护自己的利益。
可能后果：
- 如果双方能够就离职赔偿达成一致意见并签署相关协议，那么员工可以顺利离职并获得相应的赔偿。
- 如果双方无法就离职赔偿达成一致意见，员工可以通过劳动仲裁等法律途径来维护自己的权益。在职公司如果违反相关法律法规的规定进行赔偿谈判或扣减赔偿金额，可能会面临法律责任和声誉损失。
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