在耕地上建厂房是严重的违法行为，这违反了我国土地管理法律法规中关于土地使用性质和保护的要求。针对这一违法行为，我将从法律依据、处罚措施、处罚流程以及特殊情形处理等方面为您详细解答。
一、法律依据
主要依据《中华人民共和国土地管理法》、《中华人民共和国城乡规划法》以及《中华人民共和国刑法》等相关法律法规。这些法律明确规定了土地的使用性质和保护要求，禁止未经批准在耕地上进行非农建设活动，如建厂房等。
二、处罚措施
责令限期拆除：
- 对于在耕地上新建的厂房和其他设施，县级以上人民政府自然资源主管部门有权责令限期拆除，以恢复土地的原状。
- 逾期不拆除的，相关部门将依法强制拆除，并可能要求违法者承担拆除费用。
罚款：
- 对非法占用耕地的单位或个人，可以并处以罚款。罚款的金额通常按照每平方米一定的标准计算，如100元至1000元不等，但具体数额需根据当地实际情况和法律规定确定。
- 也有规定可能按耕地开垦费的5倍以上10倍以下的标准处以罚款，具体标准由各省、自治区、直辖市根据当地土地资源状况和经济发展水平确定。
责令退还非法占用的土地：
- 对于违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，县级以上人民政府自然资源主管部门将责令退还非法占用的土地。
没收违法所得：
- 如果非法占地建厂房行为产生了违法所得，相关部门有权予以没收。
刑事责任追究：
- 若非法占用耕地数量较大或造成耕地大量毁坏，可能构成犯罪，需依法追究刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》第三百四十二条的规定，非法占用农用地罪可处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
信用惩戒：
- 违法者的信息将被纳入信用体系，对其信用评级产生负面影响。这可能导致在金融信贷、商业合作、项目审批等方面受到限制。
三、处罚流程
立案调查：
- 相关部门接到举报或发现违法行为后，会进行立案调查，收集证据材料。
告知听证权利：
- 在作出行政处罚决定前，会告知当事人拟作出的处罚内容及事实、理由、依据，并告知其享有陈述、申辩和要求听证的权利。
作出处罚决定：
- 根据调查结果和相关法律法规，作出行政处罚决定，包括责令限期拆除、罚款、退还土地等措施。
执行与监督：
- 当事人应在规定期限内履行处罚决定。逾期不履行的，相关部门将依法强制执行，并进行后续监督以确保土地恢复原状。
四、特殊情形处理
- 历史遗留问题：对于因历史原因形成的农村乱占耕地建厂房问题，需结合实际情况妥善处理，既要保障农民合理的生产需求，又要坚决遏制新增违法乱象。
- 符合规划情况：若占用耕地建厂房符合国土空间规划且确有必要保留的，可依法依规完善用地手续，但需严格审批并补缴相关费用。
总结与建议
占用耕地建厂房是严重的违法行为，不仅面临高额罚款和可能的刑事责任，还会对个人信用造成长期负面影响。因此，我建议您严格遵守土地管理法规，合理规划土地使用，避免非法占用耕地进行建设活动。如需使用土地进行建设，应依法办理相关手续，确保合法合规。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询相关部门或专业律师。