耕地违法取土的行为，主要由自然资源主管部门（原国土资源部门）负责监管和处理。以下从不同角度详细分析：

1. 法律依据与监管部门
   根据《中华人民共和国土地管理法》第七十五条，违反本法规定，占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
   其中，自然资源主管部门是耕地保护的主要监管部门，负责查处违法取土、破坏耕地等行为。若取土行为涉及农业设施用地或农村集体土地，农业农村主管部门也可能参与监管。

2. 具体处理流程

   • 发现与举报：村民或相关方发现违法取土行为后，可向当地乡镇政府、自然资源所或县级自然资源主管部门举报。
     
   • 调查与认定：自然资源部门会派员实地调查，核实取土是否破坏耕地种植条件、是否取得合法手续（如临时用地许可）。
     
   • 处罚措施：若认定违法，将责令停止取土、恢复耕地原状，并处以罚款（罚款标准通常为耕地开垦费的2倍以下）；若破坏严重，可能移送公安机关追究刑事责任。
     
   • 刑事责任：根据《刑法》第三百四十二条，非法占用农用地罪包括“违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏”的情形。若取土行为符合该标准，可能面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。

3. 特殊情形说明

   • 临时用地许可：若取土是为修建道路、水利等基础设施，需依法办理临时用地手续。未办理手续即取土，仍属违法。
     
   • 农村集体土地：即使土地为村集体所有，未经批准擅自取土也违反《土地管理法》，村集体无权自行决定。
     
   • 生态保护红线：若取土区域位于生态保护红线内，除自然资源部门外，生态环境部门也可能介入处罚。

建议：若您发现耕地被违法取土，可按以下步骤处理：

1. 立即拍照、录像取证，记录取土时间、地点、参与人员；
   
2. 向当地自然资源所或县级自然资源局举报（可拨打12336国土资源违法举报电话）；
   
3. 若涉及刑事犯罪（如大规模破坏耕地），可同时向公安机关报案。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情为您提供专业法律意见。