违规占用耕地的问题，主要由县级以上人民政府自然资源主管部门、县级农业农村主管部门以及乡（镇）政府或街道办事处共同管理。以下是对各部门具体职责的详细说明：

1. 县级以上人民政府自然资源主管部门

   • 主要职责：作为土地管理的核心部门，自然资源主管部门负责全面监督土地使用情况，对未经批准或骗取批准非法占用耕地的行为进行严厉查处。
   • 具体措施：根据《土地管理法》的相关规定，该部门有权责令退还土地、限期拆除违法建筑、没收地上建筑物以及处以罚款等行政处罚。例如，对于村民在耕地上擅自建设厂房等非农设施的行为，自然资源部门将依法介入处理。

2. 县级农业农村主管部门

   • 主要职责：农业农村主管部门在农村耕地保护和违建管理方面承担重要职责，特别是涉及农村宅基地管理等方面。
   • 具体措施：对于农村村民未经批准或骗取批准非法占用耕地建住宅的情况，农业农村主管部门将责令退还土地，并限期拆除新建房屋。此外，该部门还负责加强宅基地使用的宣传和教育，提高村民的法律意识和规划意识。

3. 乡（镇）政府或街道办事处

   • 主要职责：作为基层管理单位，乡（镇）政府或街道办事处积极参与土地违法案件的查处与处理。
   • 具体措施：加强日常巡查和监管，一旦发现耕地上的违建行为，及时制止并向上级部门报告。在部分地区，根据相关授权，乡（镇）政府或街道办事处还可直接查处部分符合条件的农村违建，并组织实施拆除等工作。

综合建议：

• 多部门协作：违规占用耕地问题的复杂性决定了需要多个部门共同协作来处理。各部门根据各自的专业领域和职责范围，形成合力，确保违法建筑得到有效遏制和拆除。
• 公众参与：公众如发现违规占用耕地的行为，可向上述相关部门进行举报或咨询。各部门会根据具体情况给出相应的处理意见和措施，保障农村土地资源的合理利用。
• 法律意识提升：对于企业和个人而言，应严格遵守土地管理法律法规，确保所有用地行为均获得合法批准，并符合土地利用总体规划的要求，以避免不必要的法律风险和经济损失。

在处理违规占用耕地问题时，各部门将依法履行职责，共同维护土地的合法使用秩序。如果您遇到相关问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。