违法占用耕地、林地的管辖部门主要依据违法行为的性质和具体情形来确定，一般涉及县级以上人民政府自然资源主管部门、林业主管部门以及农业农村主管部门等多个部门。以下是对这一问题的详细分析：

一、县级以上人民政府自然资源主管部门

1. 主要职责：作为土地管理的核心部门，自然资源主管部门负责全面监督土地使用情况，包括耕地。对于未经批准或骗取批准非法占用耕地的行为，该部门具有查处权。
2. 法律依据：根据《土地管理法》的相关规定，自然资源主管部门可以责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，并可以处以罚款。
3. 行动措施：自然资源主管部门会组织专业巡查队伍定期开展土地巡查，及时发现并制止违法占地行为。同时，建立严格的土地审批制度，确保每一块土地的使用都经过合法审批。

二、林业主管部门

1. 主要职责：对于非法占用林地的行为，林业主管部门承担主要查处责任。这包括查处非法占用林地、改变被占用林地用途以及在非法占用的林地上进行非林业生产、建设等行为。
2. 法律依据：根据《中华人民共和国森林法》及其实施条例，林业主管部门有权依法进行查处，责令停止违法行为、限期恢复原状，并可并处罚款；构成犯罪的，将依法追究刑事责任。
3. 行动措施：林业主管部门会承担对非法占用林地行为的调查、取证、认定工作，并能够依法作出相应的处罚决定。同时，加强与自然资源部门的协同工作，共同维护土地资源的合理利用。

三、县级农业农村主管部门

1. 主要职责：在农村地区，农业农村主管部门专注于农村宅基地的管理，特别是查处农村村民非法占用土地建住宅的行为。虽然这主要针对宅基地，但与耕地保护也密切相关。
2. 法律依据：随着机构改革的深入，宅基地管理职能已明确转移至农业农村部门。该部门有权依据相关法律法规责令违法者退还土地，并限期拆除新建房屋。
3. 行动措施：农业农村主管部门会对农村宅基地使用情况进行全面调查和登记，建立详细的宅基地管理档案。同时，加强宅基地使用的宣传和教育，提高村民的法律意识和规划意识。

四、多部门协同与公众参与

1. 多部门协同：在处理违法占用耕地、林地问题时，往往需要多个部门的协同配合。例如，自然资源部门与林业部门在林权登记、土地资源整体规划等方面存在协同关系；生态环境部门在林地涉及生态环境保护、自然保护区管理等方面与林业部门共同保障林地生态系统的健康和安全。
2. 公众参与：公众在发现违法占用耕地、林地行为时，应积极向相关部门举报。这些部门将及时受理举报，并进行调查处理，确保土地的合法使用和保护。

法律建议：

• 如果您发现身边存在违法占用耕地、林地的行为，建议首先向当地的自然资源主管部门或林业主管部门举报。
• 在举报时，请尽可能提供详细的违法信息和证据，以便相关部门能够迅速展开调查和处理。
• 同时，您也可以关注相关部门的公告和通知，了解土地管理和保护的政策法规，增强自身的法律意识和规划意识。

可能后果：

• 对于违法占用耕地、林地的行为，相关部门将依法进行查处，包括责令退还土地、限期拆除违法建筑、没收地上建筑物以及处以罚款等行政处罚。
• 如果行为构成犯罪，还将依法追究刑事责任。因此，建议相关单位和个人严格遵守土地管理和保护的法律法规，避免违法行为的产生。