1. 林地违章建筑的主要管理部门

   • 林业主管部门：在林地违章建筑问题上，林业主管部门起主导和核心作用。依据《中华人民共和国森林法》，对于未经审核同意擅自改变林地用途的违章建筑，林业主管部门有权进行监督、制止，并依法进行处罚，以确保林地的合法使用和生态环境的保护。
   • 自然资源主管部门：当林地违建涉及违反土地管理法律法规时，如非法占用土地进行建设、未按照土地利用总体规划确定的用途使用土地等，自然资源主管部门将介入管理。根据《中华人民共和国土地管理法》，自然资源主管部门有权对违反土地管理法律、法规的行为进行监督检查，并可责令违法者退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施。
   • 城乡规划主管部门：若违建建设项目位于城市、镇规划区内，并且违反了城乡规划，则由城乡规划主管部门依法进行处理。根据《中华人民共和国城乡规划法》，未取得建设工程规划许可证或未按照许可证规定进行建设的，城乡规划主管部门可责令停止建设，并根据情况采取改正措施、处以罚款、限期拆除或没收实物及违法收入等措施。

2. 其他可能参与管理的部门

   • 乡（镇）人民政府：在乡、村庄规划区内，对于未依法取得乡村建设规划许可证或未按许可证规定进行建设的行为，乡（镇）人民政府也有权责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。虽然这主要针对的是乡村规划区内的建筑，但在某些情况下，也可能与林地违章建筑有关联。
   • 水利部门：如果林地违章建筑位于河道管理范围内，且影响行洪安全，水利部门将依据《防洪法》《河道管理条例》等法律法规，责令停止违法行为，限期拆除违法建筑物，恢复原状；逾期不拆除的，将强行拆除。

3. 部门间的协同合作

   • 林地违章建筑问题的处理往往涉及多个部门，因此各部门之间需要协同合作。林业主管部门作为主导力量，负责监督和管理林地上的违法建设活动；自然资源主管部门和城乡规划主管部门则根据具体情况，分别处理涉及土地管理和城乡规划方面的违法行为；水利部门在涉及河道管理范围内的违章建筑时也会介入。通过各部门的协同合作，能够有效遏制林地违建现象，保护生态环境和城乡规划的顺利实施。

建议：

• 如果您发现了林地违章建筑，首先可以向当地林业主管部门进行反映和举报，由其进行初步调查和认定。
• 如果涉及土地管理或城乡规划方面的问题，也可以同时向自然资源主管部门或城乡规划主管部门寻求协助。
• 在处理过程中，各部门应严格遵循法律法规，确保执法行为的合法性和公正性，保护您的合法权益。

如果您在林地违章建筑问题上遇到任何法律难题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。