结论：员工在开庭前一个月已与用人单位协商好支付方式但不肯撤诉的情况下，用人单位仍需积极应对劳动仲裁，不能因协商而忽视仲裁程序。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
员工不撤诉的合法性：
- 员工在提起劳动仲裁后，即使与用人单位就支付方式等事项达成了协商，也有权选择不撤诉。这是因为劳动仲裁是员工维护自身权益的一种法律途径，员工有权根据自己的意愿决定是否继续推进仲裁程序。
用人单位的应对策略：
- 准备应诉材料：用人单位应积极准备应诉材料，包括与员工协商的记录、支付方式的约定等，以证明双方已经就争议事项达成了共识。
- 参与仲裁程序：用人单位应按时参加仲裁庭的开庭审理，积极陈述自己的观点和证据，争取仲裁庭的支持。
- 考虑调解或和解：如果用人单位认为与员工之间的争议可以通过调解或和解解决，可以在仲裁过程中提出调解或和解的申请，与员工进一步协商解决方案。
协商与仲裁的关系：
- 协商是双方自愿解决争议的一种方式，而仲裁则是法律规定的争议解决程序。协商的结果并不具有法律强制力，不能替代仲裁程序。因此，即使双方已经协商好支付方式，员工仍有权选择继续推进仲裁程序。
- 如果仲裁庭最终作出的裁决与双方协商的结果不一致，用人单位应尊重并执行仲裁裁决。当然，如果用人单位认为仲裁裁决存在错误或违法情形，可以在法定期限内向人民法院提起诉讼或申请撤销仲裁裁决。
可能的法律后果：
- 如果用人单位未按时参加仲裁庭的开庭审理或未提供充分的证据支持自己的观点，仲裁庭可能会作出对用人单位不利的裁决。
- 如果用人单位不执行仲裁裁决，员工可以向人民法院申请强制执行，用人单位可能会面临财产被查封、冻结或划拨等法律后果。
建议：
- 用人单位应重视劳动仲裁程序，积极准备应诉材料并参与仲裁审理。
- 在协商过程中，用人单位应尽量与员工达成书面协议，明确双方的权利和义务，以减少后续争议的可能性。
- 如果用人单位对仲裁裁决有异议，应及时咨询专业律师并考虑采取法律措施维护自己的权益。
如有任何进一步的问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供针对性的解答。