结论概述：
申请人撤销行政复议申请与同意行政复议机关出具调解协议在行政复议程序中是两种不同的处理方式，它们的主要区别在于处理方式和法律后果上。下面我将从这两个方面进行详细阐述。
一、处理方式上的区别
申请人撤销行政复议申请：
- 定义：在行政复议过程中，申请人有权根据自己的意愿，向行政复议机关提出撤销其之前提交的行政复议申请。
- 处理方式：一旦申请人提出撤销申请，且该撤销申请符合法定条件（如未超过法定期限、未损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益等），行政复议机关将依法终止对该行政复议案件的审理。
同意行政复议机关出具调解协议：
- 定义：在行政复议过程中，如果双方当事人（申请人和被申请人）愿意通过调解方式解决争议，可以达成调解协议。
- 处理方式：行政复议机关在审查双方达成的调解协议后，如果认为该协议不违反法律法规的强制性规定，不损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益，将依法制作调解书，并送达双方当事人。调解书自送达之日起具有法律效力，双方当事人应当履行。
二、法律后果上的区别
申请人撤销行政复议申请的法律后果：
- 终止审理：行政复议机关将终止对该行政复议案件的审理，这意味着申请人将失去通过行政复议程序解决争议的机会。
- 重新申请限制：根据《中华人民共和国行政复议法》的相关规定，申请人撤销行政复议申请后，原则上不得再以同一事实和理由向行政复议机关提出行政复议申请。但是，如果申请人能够证明撤销行政复议申请违背其真实意思表示，或者存在其他正当理由的，可以不受此限制。
同意行政复议机关出具调解协议的法律后果：
- 法律效力：调解书自送达之日起具有法律效力，双方当事人应当履行。如果一方当事人不履行调解书确定的义务，另一方当事人可以依法向人民法院申请强制执行。
- 争议解决：通过调解方式解决争议，有助于快速、有效地化解矛盾，减少当事人的诉讼成本和时间成本。同时，调解协议的内容通常更加贴近双方当事人的实际需求，更容易得到双方的认可和执行。
建议与提醒：
- 在选择撤销行政复议申请或同意调解协议时，申请人应充分考虑自己的实际情况和利益诉求，谨慎作出决定。
- 如果申请人对行政复议程序或相关法律法规有疑问，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将竭诚为你服务。