关于您提出的“合同约定房屋租赁税由租户承担是否合法有效”的问题，我们可以从合同约定、税法规定以及实际操作三个层面进行详细分析。
一、合同约定层面
在民事合同领域，我国《民法典》赋予了合同双方较大的意思自治空间。这意味着，在遵循法律、行政法规的强制性规定，且不违背公序良俗的前提下，出租方和承租方可以自主约定合同中的各项条款，包括租赁税的承担方式。因此，从合同约定的角度来看，如果双方明确约定了租赁税由承租方承担，这一约定在合同双方之间是具有约束力的。
二、税法规定层面
然而，税法对于纳税义务人的规定是强制性的，不受合同条款的影响。根据相关税收法律、行政法规，房屋租赁税的法定纳税义务人通常是房屋出租人。这意味着，无论合同中如何约定，出租人都负有向税务机关缴纳房屋租赁税的法律责任。税务机关在征税时，会首先向出租方征收，而不是直接向承租方征收。
三、实际操作层面
在实际操作中，虽然合同中可以约定租赁税由承租方承担，但这种约定并不能改变出租方作为法定纳税义务人的身份。出租方在缴纳税款后，可以根据合同的约定，要求承租方补偿其因承担租赁税而遭受的损失。但需要注意的是，如果合同中的约定违反了税收法律的强制性规定，那么这一约定是无效的。承租方有权拒绝支付按照无效约定应由其承担的税费，而出租方则应依法履行其纳税义务。
综合分析与建议
合法性分析：合同中约定房屋租赁税由承租方承担，在合同双方之间是有效的，但这种约定不能违反税收法律的强制性规定。如果约定违反了税法，那么该约定是无效的。
风险防范：为了避免未来可能出现的纠纷，建议在签订租赁合同时，双方应充分了解相关税法规定，并明确约定税收的承担方式及具体的操作流程。例如，可以约定出租方在缴纳税款后，向承租方提供税务机关出具的完税证明，并据此要求承租方补偿相应税费。
专业咨询：如果遇到复杂的税收问题或拿不定主意的情况，建议及时咨询专业律师或税务机构，以确保合同的合法性和有效性，并避免因税费问题而引发的法律纠纷。
结论：合同中约定房屋租赁税由承租方承担，在合同双方之间通常具有约束力，但这种约定不能违反税收法律的强制性规定。出租方作为法定纳税义务人，应依法履行纳税义务。双方在签订合同时应充分考虑税法规定，并明确约定相关条款以避免未来纠纷。