在房屋租赁关系中，双方约定由承租方承担税金是合法的，但需满足一定条件。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律原则与合同约定
意思自治原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。在房屋租赁中，出租方和承租方作为平等的民事主体，有权通过合同约定税金的承担方式。只要该约定是基于双方的自愿和平等协商达成的，且不违反法律的强制性规定，即应受到法律保护。
合同约定的效力：
- 租赁合同是双方意思表示一致的产物，具有法律约束力。如果合同中明确约定了税金的承担方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么双方应当按照约定履行。这意味着，即使法律上规定出租方为纳税义务人，但双方仍可以通过合同约定由承租方实际承担税金。
二、纳税义务人与税负承担的区分
纳税义务人：
- 从税收征管的角度来看，房屋租赁涉及的各项税金（如增值税、房产税等）的纳税义务人通常是出租方。这是由税收法律法规明确规定的，旨在确保税款的及时足额征收。
税负承担的约定：
- 尽管出租方是法定的纳税义务人，但这并不妨碍双方在租赁合同中约定由承租方实际承担这些税金。这种约定是民事主体之间对于经济利益分配的安排，只要税金最终依法足额缴纳，合同的税负承担条款即具有法律效力。
三、合同条款的明确性与合法性
合同条款的明确性：
- 为避免日后产生争议，租赁合同中的税金条款应明确、具体地约定税金的种类、计算方式、缴纳时间等内容。这样不仅可以确保双方对税金的承担有清晰的了解，还能在发生纠纷时提供明确的法律依据。
合法性的判断：
- 判断租房税金由承租方承担是否合法，关键在于审查租赁合同中的相关约定。如果合同中有明确的约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定（如不违背公序良俗、不损害国家利益和社会公共利益等），那么承租人就有义务按照约定承担税金。反之，如果没有明确的约定或约定违法，则应由出租人承担税金。
四、实际操作建议
充分协商与明确约定：
- 在签订租赁合同时，双方应充分协商并明确税金的承担方式。这有助于确保双方权益得到保障，减少因税金承担问题引发的争议。
保留缴税凭证与发票：
- 承租人在承担税金时，应保留好相关的缴税凭证和发票。这些凭证和发票是证明承租人履约情况的重要依据，也是处理可能纠纷的关键证据。
寻求法律帮助：
- 如果因税金承担问题发生纠纷，双方应首先尝试通过协商解决。协商不成时，可寻求法律援助或向法院提起诉讼以维护自己的合法权益。
总结来说，在房屋租赁关系中，双方约定由承租方承担税金是合法的，但前提是这一约定必须基于自愿、平等协商，且不违反法律法规的强制性规定。同时，合同条款应明确具体，确保税金的种类、计算方式等内容清晰无歧义。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。