结论：房屋租赁税由租户承担是否合法，并非一概而论，而是取决于租赁合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。在遵循法律原则的前提下，如果合同双方协商一致并明确约定税费由租户承担，且该约定不违反法律法规的强制性规定及公序良俗，则该约定合法有效。但需注意，法定纳税义务人仍为出租方，合同约定不能改变这一事实。
从法律规定角度分析
纳税义务人：
- 根据我国税收相关法律法规，如《房产税暂行条例》等，房屋租赁涉及的营业税、房产税等税种，其纳税义务人通常是出租方（产权所有人）。这意味着，从法定纳税义务层面来看，租户并非法定的房屋租赁税纳税主体。
合同约定的效力：
- 《中华人民共和国民法典》强调意思自治原则，允许合同双方在平等自愿的基础上就相关事项进行约定。因此，在房屋租赁合同中，如果出租方和承租方协商一致，明确约定房屋租赁税由租户承担，并且这一约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该约定是合法有效的。但需注意，这种约定不能改变法定纳税义务人的身份，出租方仍需依法履行纳税义务，只是在实际操作中，可能根据合同约定向租户追偿。
显失公平的合同条款：
- 如果合同中的税费承担约定导致合同显失公平，例如出租方利用自身优势或租户缺乏经验，使租户承担了过高的租赁税负担，租户可以根据《民法典》的相关规定，在知道或应当知道撤销事由之日起一年内请求人民法院或仲裁机构撤销该条款。
从实际操作角度分析
协商与约定：
- 在实际操作中，房屋租赁税的承担方式并非一成不变。出租人和租户可以在签订租赁合同时，通过协商明确税费的承担方式。如果双方在合同中约定由租户承担部分或全部税费，并且这一约定符合法律法规的要求，那么租户应当按照约定承担相应的税费。但出租方仍需以自身名义向税务机关缴纳税费，并可根据合同约定向租户追偿。
租户的权益保护：
- 即使合同中有相关约定，租户也并非必须无条件地承担所有税费。如果租户认为税费承担方式不合理或存在其他争议，他们可以通过法律途径来维护自己的权益，包括寻求法律援助、向法院提起诉讼或向相关部门投诉等方式。
总结与建议
合同条款的明确性：
- 为避免后续产生不必要的纠纷和争议，建议在签订租赁合同时，双方应充分协商并明确税费的承担方式，确保合同条款的公平性和合法性。合同中应明确约定税费的具体种类、金额、承担方式以及追偿机制等关键内容。
租户的审慎义务：
- 租户在签订合同时应仔细阅读合同条款，了解自己的权利和义务。特别是关于税费承担的条款，租户应确保自己能够承担相应的税费负担，并了解相关法律法规的规定。如果租户对合同条款存在疑问或不确定的地方，应及时向出租方或专业律师咨询。
出租方的合规义务：
- 出租方作为法定纳税义务人，应依法履行纳税义务，确保税费的正确缴纳。出租方不得通过合同条款将税负完全转嫁给租户，也不得利用合同条款逃避自己的纳税义务。如果出租方存在违法违规行为，将可能面临税务机关的处罚和法律责任。
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