在主张加班费时，劳动者可通过以下方式证明公司掌握考勤记录，核心思路是依据法律规定推定公司持有相关证据，并结合实际举证手段完成证明责任：

1. 依据《劳动争议调解仲裁法》第六条，主张公司承担举证责任

根据法律规定，与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。考勤记录（包括打卡记录、加班审批单、门禁系统记录等）通常由公司通过考勤系统、纸质签到表或电子设备生成，属于公司掌握的证据。劳动者可明确向仲裁机构或法院提出：

• 考勤记录是证明加班事实的关键证据；
  
• 公司作为管理者，有能力且应当保存该证据；
  
• 若公司拒绝提供，应直接认定劳动者主张的加班事实成立。
  

法律依据：
《劳动争议调解仲裁法》第六条：“发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。”

2. 通过间接证据辅助证明公司掌握考勤记录

若公司否认持有考勤记录，劳动者可通过以下方式补强证明：

• 公司规章制度或劳动合同中的约定：若公司规章制度、员工手册或劳动合同中明确规定“员工需遵守考勤制度”“公司保留考勤记录”等条款，可直接证明公司负有记录义务。
  
• 日常管理行为：提供公司曾通过考勤记录扣减工资、处罚迟到早退的证据（如工资条、处罚通知），证明公司实际使用考勤记录进行管理。
  
• 技术手段留痕：若公司使用电子考勤系统（如钉钉、企业微信），劳动者可截图或公证系统界面，显示公司需登录后台才能查看考勤数据，间接证明公司掌握记录。
  
• 证人证言：同事的书面证言或出庭作证，证明公司存在考勤制度且记录由公司保存。
  

3. 申请仲裁或法院调查取证

若公司仍拒绝提供考勤记录，劳动者可：

• 向劳动仲裁机构申请责令公司提交：在仲裁程序中，劳动者可提交书面申请，要求仲裁委依据《劳动争议调解仲裁法》第六条，责令公司限期提交考勤记录。
  
• 向法院申请调查取证：若案件进入诉讼阶段，劳动者可申请法院向公司调取考勤记录，或要求公司提交系统后台数据。
  

4. 劳动者自身需完成的举证责任

需注意，劳动者仍需初步证明存在加班事实（如加班通知、工作邮件、同事证言等），再结合公司掌握考勤记录的推定，形成完整证据链。若劳动者完全无法提供任何加班线索，仅主张“公司应提供考勤记录”，可能因缺乏基础事实而难以被支持。

总结：劳动者可通过法律推定、间接证据、申请调查取证三步完成证明，核心是利用公司作为管理者的举证责任倒置规则，结合实际管理痕迹，迫使公司披露考勤记录。若遇具体操作问题，可进一步向我咨询。