结论：企业效益不好导致员工月上5天班，工资仅发放1000元是否合法，需结合具体情况判断，但一般情况下，这种工资发放方式很可能不合法。以下从不同角度进行分析：

一、从最低工资标准角度分析

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。最低工资标准是指劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。

• 情况分析：如果员工月上5天班，但按照正常工作时间计算，其应得工资（即使考虑出勤天数）仍低于当地最低工资标准，那么企业发放的1000元工资显然不合法。
• 建议：员工应查询当地最低工资标准，并计算自己按正常工作时间应得的工资，以判断企业发放的工资是否合法。

二、从工资支付规定角度分析

根据《工资支付暂行规定》，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。超过一个工资支付周期的，若劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，应按国家有关规定办理。

• 情况分析：
  1. 若企业停工停产未超过一个工资支付周期：企业应按劳动合同规定的标准支付员工工资，而非仅发放1000元。
  2. 若企业停工停产超过一个工资支付周期，且员工提供了正常劳动（尽管天数少）：企业支付的工资也不得低于当地最低工资标准。
  3. 若企业停工停产超过一个工资支付周期，且员工未提供正常劳动：企业仍需按国家有关规定（如支付生活费等）办理，而非直接发放极低的工资。
• 建议：员工应了解企业停工停产的具体情况，以及自己是否提供了正常劳动，以判断企业发放的工资是否合法。

三、从劳动合同约定角度分析

劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了工资支付方式、标准等，企业应按照合同约定执行。

• 情况分析：如果劳动合同中约定的工资标准远高于1000元，且企业未与员工协商一致就擅自降低工资，那么企业的行为显然不合法。
• 建议：员工应查阅自己的劳动合同，了解其中关于工资支付的约定，以判断企业发放的工资是否合法。

四、实际操作建议

1. 与企业沟通：员工可以首先与企业沟通，了解企业效益不好的具体情况，以及工资发放方式的原因和依据。
2. 收集证据：员工应收集相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录等，以备后续维权之需。
3. 寻求法律援助：如果员工认为企业的行为不合法，可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

总结：企业效益不好导致员工月上5天班，工资仅发放1000元是否合法，需结合最低工资标准、工资支付规定、劳动合同约定等多方面因素进行判断。在大多数情况下，这种工资发放方式很可能不合法。员工应了解自己的权益和法律规定，积极与企业沟通并寻求法律援助以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。