关于病假半年以上扣工资由谁定的问题，结论是：病假期间工资的扣除标准并非由单一主体决定，而是受到法律法规、公司规章制度以及劳动合同的共同约束。以下从不同角度为您详细分析：
法律法规层面：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》以及《劳动部关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》等相关法律法规，职工在医疗期内享有病假工资或疾病救济费，其标准不得低于当地最低工资标准的80%。这是法律对病假工资的最低保障要求。
- 具体扣除比例或计算方式，法律法规并未直接规定，而是赋予了企业一定的自主权，但要求企业制定的规章制度必须合法、合理，且不得低于法律规定的最低标准。
公司规章制度层面：
- 企业可以根据自身情况，在法律法规的框架内制定病假工资的扣除标准或计算方式。这些规定通常包含在企业的《员工手册》、《薪酬管理制度》等规章制度中。
- 企业在制定这些规章制度时，必须遵循民主程序，即经过职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定，并公示或告知劳动者。
- 如果企业的规章制度违反了法律法规的强制性规定，或者未经民主程序制定，那么这些规定可能被认定为无效，企业不能依据这些规定扣除病假工资。
劳动合同层面：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了病假工资的扣除标准或计算方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么双方应按照劳动合同的约定执行。
- 如果劳动合同中没有约定，或者约定不明确，那么应参照企业的规章制度执行；如果企业的规章制度也没有相关规定，或者规定不明确，那么应按照法律法规的最低标准执行。
建议：
- 如果您对公司的病假工资扣除标准有疑问或不满，首先应查阅公司的规章制度和劳动合同，了解相关规定。
- 如果发现公司的规定违反了法律法规的强制性规定，或者未经民主程序制定，您可以向公司提出异议，并要求公司按照法律法规的最低标准支付病假工资。
- 如果公司拒绝改正，您可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
示例：
假设某公司规定，员工病假期间工资按照基本工资的50%扣除。如果该公司的基本工资不低于当地最低工资标准，且该规定经过了民主程序制定并公示或告知了劳动者，同时劳动合同中也没有对此进行相反约定，那么该规定是有效的。但如果该公司的基本工资低于当地最低工资标准，或者该规定未经民主程序制定，那么该规定可能被认定为无效，公司应按照法律法规的最低标准（即当地最低工资标准的80%）支付病假工资。