在综合计算工时工作制下，法定节假日上班当天的时间是算入综合工时里面的，但用人单位需支付不低于工资百分之三百的工资报酬。以下是对这一问题的详细分析：
一、综合计算工时工作制的基本概念
综合计算工时工作制是一种特殊的工时制度，它针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工，采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。在这种制度下，职工的平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
二、法定节假日在综合计算工时工作制中的处理
法定节假日的计入：
- 在综合计算工时工作制下，法定节假日是计入综合计算周期内的。也就是说，无论职工是在工作日还是法定节假日工作，其工作时间都会被纳入综合计算周期的总工时中。
法定节假日的工资支付：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这一规定同样适用于综合计算工时工作制下的职工。因此，即使法定节假日的工作时间被计入综合工时，用人单位仍需按照法律规定支付三倍工资。
三、实际案例与法律应用
- 假设某企业采用综合计算工时工作制，以月为周期。某职工在一个月内工作了200小时，其中包括了3天的法定节假日（假设每天工作8小时，共24小时）。在计算该职工的月工资时，这24小时的法定节假日工作时间不仅应计入总工时，而且用人单位还需为这24小时支付不低于职工日工资三倍的工资报酬。
四、建议与注意事项
用人单位应严格遵守法律规定：
- 用人单位在采用综合计算工时工作制时，应确保职工的平均日工作时间和平均周工作时间与法定标准工作时间基本相同，并依法支付法定节假日的工资报酬。
职工应了解自己的权益：
- 职工应了解综合计算工时工作制的相关规定，确保自己的合法权益不受侵害。如果用人单位未依法支付法定节假日的工资报酬，职工有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
双方应签订书面劳动合同：
- 用人单位与职工应签订书面劳动合同，明确约定工时制度、工资支付等事项，以避免因理解不一致而产生的纠纷。
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