结论：员工不能胜任工作且怀孕了，用人单位一般不能直接辞退，否则需要支付赔偿金；但在特定条件下，用人单位可以依法解除劳动合同且无需支付赔偿金。以下是对此问题的详细分析：
一、孕期女职工的特殊保护
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条的规定，女职工在孕期、产期、哺乳期的，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同。这意味着，如果女职工处于孕期，用人单位不能仅因其不能胜任工作就解除劳动合同。
二、不能胜任工作的处理
培训或调整岗位：如果员工不能胜任工作，用人单位应当对其进行培训或者调整工作岗位。这是用人单位的法定义务，也是解决员工不能胜任工作问题的首选方式。
解除劳动合同的条件：在经过培训或者调整工作岗位后，员工仍不能胜任工作的，用人单位可以提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付员工一个月工资后，解除劳动合同。但这一规定并不适用于孕期女职工。
三、孕期女职工被辞退的赔偿
违法解除劳动合同的赔偿：如果用人单位在孕期女职工不能胜任工作的情况下，直接解除劳动合同，这属于违法解除。根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十八条和第八十七条的规定，用人单位应当依照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。经济补偿标准通常按照劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
赔偿金的计算：假设女职工在用人单位工作了3年，月工资为5000元，那么如果用人单位违法解除劳动合同，需要支付的赔偿金就是3年×5000元/年×2=30000元。
四、特定条件下的合法解除
虽然孕期女职工受到特殊保护，但在某些特定条件下，用人单位仍然可以依法解除劳动合同且无需支付赔偿金。这些条件包括：
严重违反用人单位的规章制度：如果孕期女职工严重违反了用人单位的规章制度，且该规章制度是合法有效的，用人单位可以解除劳动合同。
严重失职、营私舞弊，给用人单位造成重大损害：如果孕期女职工因严重失职或营私舞弊给用人单位造成了重大损害，用人单位也有权解除劳动合同。
被依法追究刑事责任：如果孕期女职工被依法追究刑事责任，用人单位同样可以解除劳动合同。
建议：作为用人单位，在处理孕期女职工不能胜任工作的问题时，应当谨慎行事，遵循法律法规的规定，避免违法解除劳动合同带来的法律风险。如果确实需要解除劳动合同，应当确保符合法定条件，并依法支付经济补偿或赔偿金。如果作为孕期女职工，在遇到此类情况时，也可以积极维护自己的合法权益，向用人单位提出异议或寻求法律援助。
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