结论：法院在行政案件中直接采信被告修改后且前后自我矛盾的证据，这一行为是否合法，需结合具体情况判断，但一般情况下，若法院未进行充分论证而直接采信，可能存在程序或实体上的瑕疵，甚至违法。以下从多个角度进行分析：
一、证据采信的基本原则
在行政诉讼中，证据的采信应当遵循合法性、真实性和关联性的原则。具体来说：
- 合法性：证据的收集、提交和审查必须符合法定程序，不得违反法律禁止性规定。
- 真实性：证据应当真实可靠，能够反映案件事实的真实情况。
- 关联性：证据应当与案件事实具有关联性，能够证明或反驳案件中的某个事实。
二、被告证据前后自我矛盾的处理
当被告提交的证据存在前后自我矛盾的情况时，法院应当进行细致的审查和论证：
- 审查矛盾点：法院应当首先审查证据中的矛盾点，明确哪些部分存在矛盾，以及矛盾的具体表现。
- 要求解释：法院可以要求被告对证据中的矛盾点进行解释，说明矛盾产生的原因和合理性。
- 综合判断：在听取被告解释后，法院应当结合其他证据和案件事实，综合判断证据的真实性和可信度。
三、法院直接采信修改证据的合法性分析
若法院未进行充分论证：
- 如果法院在未对被告证据中的矛盾点进行充分审查和论证的情况下，直接采信了修改后的证据，这一行为可能违反了证据采信的基本原则，特别是真实性和合法性的原则。
- 这种情况下，法院的采信行为可能构成程序瑕疵或实体违法，当事人可以依法提出上诉或申请再审。
若法院进行了充分论证：
- 如果法院在采信修改后的证据前，对证据中的矛盾点进行了充分的审查和论证，并听取了被告的解释，结合其他证据和案件事实进行了综合判断，那么法院的采信行为可能是合法的。
- 在这种情况下，即使证据存在前后自我矛盾的情况，但只要法院能够合理解释并证明其采信的合理性，那么这一行为就是符合法律规定的。
四、法律建议
对于当事人：
- 如果认为法院在采信证据时存在程序或实体上的瑕疵，可以依法提出上诉或申请再审，要求法院重新审查证据并作出公正判决。
- 在提出上诉或申请再审时，应当提供充分的证据和理由，证明法院的采信行为存在违法或不当之处。
对于法院：
- 法院在采信证据时，应当严格遵守证据采信的基本原则，对证据进行充分的审查和论证。
- 对于存在矛盾点的证据，法院应当要求当事人进行解释，并结合其他证据和案件事实进行综合判断，确保采信的证据真实可靠、合法有效。
最后，行政案件中证据的采信是一个复杂而严谨的过程，需要法院严格遵守法律规定和程序要求。如果你在行政案件中遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。