结论：员工连续旷工三天且联系不上本人，并不能直接视为自动离职，这一判断主要取决于用人单位的规章制度是否对此有明确规定，并且该规章制度是否合法有效。
一、法律层面分析
法律无直接规定：我国法律并未明确规定旷工多少天即构成自动离职。自动离职在法律上并非一个规范表述，它通常指的是劳动者不告而别、无故旷工达到一定合理期限，并表现出不再继续履行劳动合同的意思。
用人单位规章制度制定权：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位有权制定规章制度，但这些规章制度必须符合法律规定，不得违反法律法规的强制性规定，且需经过民主程序制定并向劳动者公示。
二、用人单位规章制度分析
规章制度内容：许多用人单位会在规章制度中明确规定，连续旷工达到一定天数（如3天）或累计旷工达到一定天数，可视为严重违纪行为，并作为解除劳动合同的情形之一。这一规定必须合法、合理且经过公示。
规章制度有效性条件：
- 内容合法合理，不违反法律法规，符合企业管理逻辑和公平原则。
- 经过民主程序制定，通常要求经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定。
- 已向劳动者公示，通过发放员工手册、组织培训、公告栏张贴等方式确保员工知晓。
三、实际操作建议
对于用人单位：
- 制定合法有效的规章制度：确保规章制度内容合法、合理，经过民主程序制定，并已向劳动者公示。
- 及时沟通与记录：在员工旷工期间，用人单位应尝试通过多种方式联系员工，如电话、短信、邮件等，并保留好相关记录。若无法联系上员工，也应做好书面记录，以备后续可能的劳动争议。
- 依法处理：若规章制度中明确规定了旷工三天的后果，且该规章制度合法有效，用人单位可以依据规章制度解除劳动合同。但在此过程中，应确保遵循法定程序，如通知工会、出具书面解除通知书等。
对于劳动者：
- 遵守规章制度：应严格遵守公司的规章制度，按时出勤，以维护自身的合法权益。
- 及时沟通：若因特殊原因无法出勤，应及时与用人单位沟通，说明情况并寻求解决方案。
- 了解权益：若认为公司规章制度中存在不合理或不合法的条款，有权向相关部门投诉或寻求法律援助。
四、可能面临的法律后果
- 若用人单位规章制度合法有效且明确规定了旷工三天的后果：用人单位可以依据规章制度解除劳动合同，但应确保遵循法定程序。若未遵循法定程序，可能面临违法解除劳动合同的法律风险，如支付赔偿金等。
- 若用人单位规章制度未明确规定旷工三天的后果或规章制度不合法有效：用人单位不能随意将旷工三天的员工视为自动离职。若用人单位擅自解除劳动合同，可能面临支付违法解除劳动合同的赔偿金等法律后果。
总结：员工连续旷工三天且联系不上本人，并不能直接视为自动离职。这一判断主要取决于用人单位的规章制度是否对此有明确规定，并且该规章制度是否合法有效。因此，建议用人单位和劳动者都应充分了解相关法律法规和规章制度，以确保自身权益得到妥善保护。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。