针对非法小化工厂员工的处理问题，需结合具体违法情形、员工参与程度及法律规定综合判断，以下是具体分析：
行政责任层面
根据《环境保护法》第六十三条及《安全生产法》相关规定，若员工直接参与非法排污、超标排放污染物、擅自处置危险废物等违法行为，可能面临五日以上十五日以下拘留的行政处罚。若员工仅执行上级指令且未参与核心违法环节（如仅从事普通生产操作），行政处罚风险较低，但需配合调查并提供证据证明自身无主观过错。
刑事责任层面
- 污染环境罪（《刑法》第三百三十八条）：若员工明知工厂无环保资质仍参与生产，且排放污染物达到”严重污染环境”标准（如非法排放重金属超标三倍以上），可能构成共犯。直接负责的主管人员和其他直接责任人员将承担刑事责任，量刑幅度为三年以下有期徒刑或拘役，后果特别严重的可升至三年以上七年以下有期徒刑。
- 非法经营罪（《刑法》第二百二十五条）：若工厂未取得危险化学品经营许可证而生产、销售化工产品，员工参与经营活动的可能构成共犯，量刑幅度为五年以下有期徒刑或拘役，情节特别严重的可升至五年以上有期徒刑。
- 重大责任事故罪（《刑法》第一百三十四条）：若因违规操作导致爆炸、泄漏等事故，造成严重后果的，直接操作人员可能面临三年以下有期徒刑或拘役，情节特别恶劣的可升至三年以上七年以下有期徒刑。
民事赔偿层面
根据《民法典》第一千二百二十九条，员工若因故意或重大过失导致环境污染损害，可能需与雇主承担连带赔偿责任。但若能证明自身行为系职务行为且无过错（如按规范操作但设备本身存在缺陷），则赔偿责任由雇主承担。
实务建议
- 员工自救措施：立即停止违法行为，保留工作记录、工资条等证据，主动向环保部门举报并申请成为”污染环境犯罪线索举报人”以争取从宽处理。
- 企业应对建议：若为工厂管理者，应立即停产整顿，委托第三方进行环境修复评估，主动缴纳环境修复费用并与受害方达成赔偿协议，可争取不起诉或缓刑。
- 证据固定要点：重点收集员工岗位职责说明书、生产操作规范、环保设备运行记录等材料，以区分直接责任与间接责任。
特别提示：若员工系被胁迫参与违法活动，需在侦查阶段及时提出并提交被胁迫证据（如威胁录音、书面胁迫材料等），可依据《刑法》第二十八条争取减轻或免除处罚。具体案件需结合排污数据、员工参与环节等细节进一步分析，建议提供更多事实细节以便精准评估法律风险。